Bereits im frühen 13. Jahrhundert wirkte der herausragende Mathematiker Leonardo Fibonacci in einem Gelehrtenzirkel in Pisa.
Mit der BulleIn supremae dignitatis begründete Papst Clemens VI. am 3. September 1343 in Pisa das Studium Generale; damit gehörte Pisa zu den ersten Orten mit dieser Ausbildungsform wie Bologna und Florenz. Gelehrt wurden Theologie, weltliches und kanonisches Recht sowie Medizin. 1355 nahm der namhafte Humanist Francesco da Buti (auch di Bartolo) die Lehre auf. Doch durch die Konkurrenz mit der nahen Universität Florenz gab es einige Krisenjahre mit zu wenig Studenten.
Erst Lorenzo dei Medici holte 1473 einen Teil der Florentiner Studien nach Pisa und stellte 1486 ein neues Gebäude zur Verfügung, den Palazzo della Sapienza. Dort wurde das Bild eines Cherub über dem Tor 'Dell’Abbondanza' angebracht, das Zeichen der Universität bis heute.
Nach einer erneuten Krise infolge Krieg und Niedergang wurde die Universität am 1. November 1543 neu eröffnet durch Großherzog Cosimo I. Durch das Statut von 1545 wurde die Qualität wesentlich verbessert. Besonders die Botanik florierte mit Luca Ghini und Andrea Cesalpino, ein erster Botanischer Garten entstand. Auch die Medizin mit Gabriele Falloppio und Marcello Malpighi zog viele an.[3]
Medicina clinica e sperimentale – Klinische und experimentelle Medizin
Patologia chirurgica, medica, molecolare e dell’area critica – Chirurgische, medizinische und molekulare Pathologie sowie Pathologie der Problemregionen
Ricerca traslazionale e delle nuove tecnologie in medicina e chirurgia – Translationale Forschung und Forschung neuer Technologien in Medizin und Chirurgie
Scienze agrarie, alimentari e agro-ambientali – Agrar-, Lebensmittel- und Agrar-Umweltwissenschaften