En muchas preparaciones de compuestos orgánicos reactivos, algunas partes específicas de sus moléculas no podrían sobrevivir a los reactivos o ambientes químicos requeridos. Entonces, estas partes o grupos deben ser protegidos. Por ejemplo, el hidruro de aluminio y litio es un agente reductor muy potente, útil debido a su capacidad de reducir a los ésteres a alcoholes. Siempre reaccionará con los grupos carbonilo, y esto no puede evitarse de ninguna forma. Cuando se requiere la reducción de un éster y a la vez existe en la molécula un grupo carbonilo no éster, tiene que impedirse el ataque de los iones hidruro (donados por el LiAlH4) al grupo carbonilo. Esto se puede hacer, por ejemplo, convirtiendo el grupo carbonilo en un acetal, que no reacciona con los hidruros. En consecuencia, al grupo acetal se le denomina grupo protector de los carbonilos. Después de que se completa la etapa que involucra la reducción con hidruros, se elimina el grupo acetal (mediante reacción de hidratación catalizada por ácidos), regenerando el carbonilo original. Este paso se denomina desprotección.
Los grupos protectores son usados más comúnmente en trabajo de laboratorio a pequeña escala y en desarrollos iniciales, más que en procesos de producción industrial, porque su uso agrega pasos adicionales y costo de materiales al proceso. Sin embargo, la disponibilidad de un bloque de construcción quiral puede estos costos adicionales (como el ácido shikímico para el oseltamivir). Aunque se requieren pasos adicionales de síntesis para la protección y desprotección, las reacciones suelen ser más limpias, proceden con mayores rendimientos, y requieren menos optimización con los grupos protectores que sin ellos.
Benzoilo (Bz) - Su uso es común en la síntesis de oligonucleótidos para la protección de N4 en la citosina y N6 en la adenina. Es removido por bases, usualmente por tratamientos con amoniaco en fase acuosa o gas, así como metilamina. El benzoilo es muy estable como para ser removido con amidas alifáticas.
Carbamato - Removido por ácido y calentamiento leve.
Ésteres de ter-butilo - Eliminados por ácidos, bases, y algunos reductores.
Éstes de fenoles 2,6-disustituidos (ejemplo: 2,6-dimetilfenol, 2,6-diisopropilfenol, 2,6-di-ter-butilfenol) - Removidos a temperatura ambiente por metanólisis catalizada con DBU bajo condiciones de alta presión.
Debido a este efecto, el rendimiento cuántico para la desprotección del grupo éster de la derecha está reducido y permanece intacto. Significativamente, al colocar los átomos de deuterio junto al grupo éster de la izquierda o al cambiar la longitud de onda a 254 nm, se obtiene el otro monoareno.
El uso de grupos protectores esta ampliamente difundido, aunque ha sido criticado.[5] En térmicos prácticos, su uso añade dos pasos (protección y desprotección) a la síntesis, en los cuales (ya sea en uno o en ambos) se puede reducir considerablemente el rendimiento de la reacción. Fundamentalmente, la complejidad añadida impide el uso de la síntesis total en la investigación farmacéutica. En contraste, la síntesis biomimética, no utiliza grupos protectores.
↑Kamaya, Yasushi; T Higuchi (2006). «Metabolism of 3,4-dimethoxycinnamyl alcohol and derivatives by Coriolus versicolor». FEMS Microbiology Letters24 (2-3): 225-229. doi:10.1111/j.1574-6968.1984.tb01309.x.
↑Moussa, Ziad; D. Romo (2006). «Mild deprotection of primary N-(p-toluenesufonyl) amides with SmI2 following trifluoroacetylation». Synlett (19): 3294-3298. doi:10.1055/s-2006-951530.La referencia utiliza el parámetro obsoleto |coautores= (ayuda)
↑Merrifield, R. B.; Barany, G.; Cosand, W. L.; Engelhard, M.; Mojsov, S. Pept.: Proc. Am. Pept. Symp. 5th 1977
↑Isotope Effects in Photochemistry: Application to Chromatic Orthogonality
Aurélien Blanc and Christian G. Bochet Org. Lett.; 2007; 9(14) pp 2649 - 2651; (Letter) doi10.1021/ol070820h