Y-12 (I) : Versión de desarrollo, equipada con dos motores Pratt & Whitney Canada PT6A-11 (373 kW)
Y-12 (II) : Versión de producción inicial, equipada con dos motores PT6A-27 de mayor potencia. Capacidad para 17 pasajeros.
Y-12 (III) : Proyecto para equipar a la aeronave con motores WJ-9. Se abandonó a favor de la versión Y-12C.
Y-12 (IV) : Versión mejorada, equipada con dispositivos de punta alar y con mayor peso máximo al despegue. Su capacidad también se incrementó hasta los 19 pasajeros.
Y-12C : Versión del modelo (IV) equipado con el motor WJ-9.
Y-12E : Versión con motores PT6A-135A de hélices de cuatro palas.[1]
Y-12F : Variante en desarrollo, que está previsto que disponga de un fuselaje más amplio, tren de aterrizaje retráctil y motores de mayor potencia.[2]
El 4 de agosto de 2020 un Harbin Y-12 propiedad de la Fuerza Aérea de Kenia matrícula KAF128, sufrió daños después de que colapsara su tren de nariz durante la carrera de despegue en la Pista de Dhobley. El avión había entregado suministros por parte de la ONU en territorio somalí.[3]