San Juani metsakaitseala asub Ameerika Ühendriikides Colorado osariigi lääneosas ja hõlmab 7603 km² suuruse ala.
San Juani metsakaitseala piirneb põhjas Uncompahgre metsakaitsealaga ja idas Rio Grande metsakaitsealaga. Mets katab suurema osa San Juani mägede lõunaosast, mis jääb Ameerika veelahkmeahelikust lääne poole. Metsas asub kolm ürglooduse kaitseala: Lizard Head Wilderness, South San Juan Wilderness ja Weminuche Wilderness. Esimene neist asub osaliselt Uncompahgre metsakaitsealal, kaks ülejäänut asuvad osaliselt Rio Grande metsakaitsealal.
Kaitseala keskus asub Durangos. Lisaks sellele on kaitsealal kolm kohalikku kontorit Bayfieldis, Doloresis ja Pagosa Springsis.
Kaitseala läbib Durango–Silvertoni kitsarööpmeline raudtee. See on 73 km pikk, seda kasutatakse järjepidevalt alates 1881 ja see on tunnistatud riiklikuks ajaloomälestiseks.
Kaitseala kuulutas välja Theodore Roosevelt 3. juunil 1905. 21. septembril 2012 kuulutas Barack Obama osa metsakaitsealast Chimney Rocki rahvusmonumendiks.