Jaan Õunapuu (13. syyskuuta 1958 Mustjala, Saarenmaa, Viro[1]) on virolainen poliitikko. Hän ollut Viron Sosiaalidemokraattisen puolueen jäsen vuodesta 2010.[2]
Õunapuu liittyi 2002 agraaripuolueeksi luonnehdittuun Kansanliittoon. Hän on ollut riigikogun jäsen vuodesta 2010.[1] Hän oli Partsin hallituksessa alueministeri,[3] samoin Ansipin ensimmäisessä hallituksessa.[4]
Õunapuu on ollut Tarton apulaiskaupunginjohtaja 10. kesäkuuta 2016 lähtien vastuualueenaan yrittäjyysasiat (rekisteröinti) ja taloustoimi (kirjanpito). Hän on valmistunut Eesti Põllumajanduse Akadeemiasta 1982.[5]