Jemaah Islamiyah (suom. islamilainen seurakunta ) on militantti islamistinen järjestö, jonka tavoitteena on luoda Kaakkois-Aasiaan suuri islamilainen valtio. Järjestö on tehnyt ja yrittänyt useita terroritekoja, joista tunnetuimmat ovat Balin pommi-iskut 12. lokakuuta 2002.[1] Elokuussa 2003 pommi-iskun kohteeksi joutui Jakartan Marriott-hotelli, ja syyskuussa 2004 itsemurhapommittaja iski Australian suurlähetystön ulkopuolella. Myös Jakartan vuoden 2009 hotellipommien takana oli Jemaah Islamiyah.[2]
Jemaah Islamiyah oli myös todennäköisin Balin vuoden 2005 pommi-iskujen tekijä. Jouluaattona 2000 järjestö suuntasi pommi-iskujen sarjan kristittyjä vastaan.[3]
Indonesian lisäksi järjestö on toiminut muun muassa Filippiineillä.
Jemaah Islamiyahin edeltäjiin lukeutui Darul Islam. Jemaah Islamiyahin keskeisiä hahmoja ovat olleet Abdullah Sungkar, Abu Bakar Bashir, Hambali, Mas Selamat bin Kastari, Abu Dujana ja Zarkasih.