Jenaer Philharmonie on Jenassa, Saksassa toimiva vuonna 1934 perustettu sinfoniaorkesteri. Sen yhteydessä toimivat myös kuorot Philharmonischer Chor Jena, Knabenchor der Jenaer Philharmonie ja Jenaer Madrigalkreis. Orkesterin aiempiin musiikillisiin johtajiin on lukeutunut muiden muassa Andrei Boreiko (1998–2003). Vuonna 2003 orkesterin johtoon nousi australialainen Nicholas Milton.