Joseph Ebuya (s. 20. kesäkuuta 1987 Nyandarua, Kenia) on kenialainen kestävyysjuoksija.
Ebuya sijoittui Melbournen Kansainyhteisön kisoissa 2006 neljänneksi 5 000 metrin juoksussa ajalla 13.05,89. Myöhemmin samana vuonna hän juoksi Fukuokan maastojuoksun MM-kisoissa nuorten sarjassa neljänneksi ja voitti Pekingin nuorten MM-kisoissa pronssia 5 000 metrillä sekä hopeaa 10 000 metrin juoksussa ajalla 28.53,46. Kauden lopussa hän oli IAAF:n yleisurheilufinaalissa 3 000 metrin juoksusa kahdeksas ajalla 7.43,31. Seuraavana vuonna Ebuya karsiutui Osakan MM-kisoissa 5 000 metrin alkuerissä. IAAF:n yleisurheilufinaalissa hän sijoittui 3 000 metrillä toiseksi ja 5 000 metrillä neljänneksi.
Ebuya juoksi Edinburghin maastojuoksun MM-kisoissa 2008 neljänneksi. Berliinin MM-kisoissa 2009 hän oli 5 000 metrillä kolmastoista. Ebuya voitti Bydgoszczin maastojuoksun MM-kisoissa 2010 MM-kultaa.