Hän aloitti uransa Vitalicio Seguros -tallissa vuonna 1998 ja jatkoi tallissa kolmen vuoden ajan. Vuosina 2001–2003 Mercado ajoi iBanesto.com-tallissa. Ensimmäisen merkittävän voittonsa hän saavutti ottamalla etappivoiton vuoden 2001 Espanjan ympäriajossa. Vuonna 2003 hän voitti etapin Dauphiné Libéré -kilpailussa. Kaudella 2004 hän kilpaili Quick Step-Davitamon -tallissa ja voitti vuoden 2004 Ranskan ympäriajon 18. etapin. Kaudeksi 2005 talli vaihtoi nimekseen Quick Step-Innergetic ja Mercado voitti Itävallan ympäriajon. Vuosina 2006–2007 hän ajoi Agritubel-tallissa ja voitti 2006 Ranskan ympäriajon 10. etapin.