Koulutus Päiväntasaajan Guineassa on maksutonta ja pakollista 14 ikävuoteen asti, ja siitä vastaa opetus-, tiede- ja urheiluministeriö.[1][2] Koulun aloittaminen muuta ikäluokkaa myöhemmin on tyypillistä; esimerkiksi vuonna 1993 ala-asteelle ilmoittautui 1,497-kertainen määrä oppilaita alakouluikäisiin lapsiin nähden, mutta sen sijaan vain 83,4 % alakouluikäisistä lapsista ilmoittautui kouluun. Koulun jättäminen kesken on yleistä, joskin yleisempää tytöillä kuin pojilla.[1]
Perusasteen koulutus kestää viisi vuotta, ja sitä seuraavat neljä vuotta ensimmäisen tason keskiasteen opintoja ja kolme vuotta toisen tason keskiasteen opintoja. Vuonna 2001 noin 35 % 3–6-vuotiaista lapsista osallistui jonkinlaiseen esikouluun.
Arviolta 45 % oppilaista käy perusasteen koulutuksen loppuun. Vuonna 2000 yhtä opettajaa kohden oli alakoulussa noin 43 oppilasta ja yläkoulussa 23 oppilasta.
Pääosa korkeakouluopinnoista annetaan Päiväntasaajan Guinean kansallisessa yliopistossa. Muita tärkeitä korkeakouluja ovat Enrique Nvó Okenven kansallinen koulu[3], jolla on kampukset Malabossa ja Batassa, ja espanjalainen etäopetusta tarjoava Universidad Nacional de Educación a Distancia (UNED), jolla on Päiväntasaajan Guineassa kampus Biokossa. Myös Iberoamerican University Foundationilla (FUNIBER) on kampus Malabossa.
Vuonna 2014 arvioitiin, että 95 % aikuisväestöstä ja 98 % 15–24-vuotiaista on lukutaitoisia. Luvut ovat koko Saharan eteläpuolisen Afrikan korkeimmat.
Vuodesta 2003 lähtien koulutusmenot ovat olleet arviolta 0,6 % BKT:sta ja 1,6 % valtion menoista.