Manitoban provinssin lippu pohjautuu Brittiläisen imperiumin Red Ensign -kauppamerenkulkulippuun. Lipussa on punaisella pohjalla Manitoban vaakuna.
Lipun hyväksyi Manitoban lainsäädäntökokous 11. toukokuuta 1965 ja kuningatar Elisabet II virallisti lipun lokakuussa 1965. Lippu otettiin käyttöön 12. toukokuuta 1966. Päätös lipun käyttöönotosta tehtiin sen jälkeen, kun Kanadan hallitus oli päättänyt Vaahteranlehtilipun käyttöönotosta kansallislippuna. Myös Ontarion lippu otettiin käyttöön samasta syystä.