Manuel Mendes (n. 1547 – 24. syyskuuta 1605) oli portugalilainen renessanssisäveltäjä ja musiikinopettaja. Hänen johdollaan opiskelivat muun muassa säveltäjät Duarte Lobo ja Manuel Cardoso.
Mendes syntyi Lissabonissa ja opiskeli Évorassa. Myöhemmin hän pääsi mestre de capelaksi portalegrelaiseen katedraaliin. Vuonna 1575 Mendes palasi Évoraan, jossa hän toimi pappina loppuelämänsä ajan.