William Ellis oli englantilainen luonnontieteilijä.
Ellis toimi luonnontieteilijä William Andersonin apulaisena James Cookin kolmannella matkalla. Anderson keräsi ensimmäisen sinikurkkumalurin (Malurus cyaneus) vuonna 1777 Tasmanian itärannikolta. Hän antoi lajille nimeksi Motacilla cyanea sen västäräkkimäisen olomuodon vuoksi. Anderson kuoli ennen kuin ehti julkaista havainnon. Ellis antoi lajille nimen Malurus cyaneus vuonna 1782.
Yhdessä John Webberin kanssa Ellis piirsi ja maalasi vesiväreillä muistiin kaiken matkalla eteen tulleen, ja näin syntyivät ensimmäiset etnografiset muistiinpanot Tyynenmeren kulttuureista.[1] Hän kirjoitti matkasta myös kirjallisen selostuksen An Authentic Narrative of a Voyage Performed by Captain Cook and Captain Clerke.[2]