Il est actif à Florence en 1878, où il rencontre Wilhelm von Bode, qui lui a suggéré de se spécialiser dans la peinture hollandaise ancienne[1]. Il se spécialise notamment sur Rembrandt, mais a de nombreuses divergences d'opinion avec Cornelis Hofstede de Groot à ce sujet.
En 1889, il s'installe à La Haye, où il est directeur du Mauritshuis (le Cabinet royal des peintures) jusqu'en 1909[1].
Il quitte les Pays-Bas pour des raisons de santé en 1922 et s'établit à Monaco. Il publie des ouvrages sur Jan Steen (en 1927) et surtout le Catalogue raisonné de Rembrandt de 1935(en)[2] qui devient un ouvrage de référence et que l'on référence souvent comme le « Bredius 1935 ». Le catalogue raisonné de Bredius a servi de point de départ de l'étude du Rembrandt Research Project pour composer leur Corpus, dès la création de ce groupe de spécialistes en 1968 : il s'agissait de traiter (authentifier, étudier, etc.) les 611 tableaux mentionnés par Bredius, ainsi que ceux qui avaient été découverts par la suite[3].
Collectionneur d'art, il lègue ses papiers et ses notes au Rijksbureau voor Kunsthistorische Documentatie et c'est sa collection privée, d'environ 200 peintures (dont certaines de Rembrandt ; ainsi que des dessins, meubles anciens, argenterie, verrerie et chinoiseries), qui constitue la base du musée Bredius de La Haye, qui était son domicile[1],[5].