Un atome exotique se représente comme un atome « normal » dans lequel au moins une particule subatomique a été remplacée par une autre particule de même charge électrique : par exemple un pion négatif π− ou un muon à la place d'un électron. De telles configurations sont très instables, de sorte que ces atomes exotiques n'ont qu'une durée de vie très brève.
Un atome muonique résulte du remplacement d'un électron par un muon, qui est un lepton comme l'électron. Ces « atomes » sont plus petits que les atomes normaux car les muons sont plus massifs que les électrons et demeurent donc plus proches du noyau.
L'électrodynamique quantique joue un rôle central dans la distribution des niveaux d'énergie des muons dans ce type de structure.
Les muons n'étant pas sensibles à l'interaction forte, leurs propriétés à l'intérieur de « l'atome » résultant sont étroitement déterminées par l'interaction électromagnétique seule.
Un atome hadronique résulte du remplacement d'un électron par un hadron, tel qu'un méson (notamment le pion et le kaon), un antiproton ou une particule Σ−.
Contrairement aux leptons, les hadrons sont soumis à l'interaction forte, de sorte que la distribution de leurs énergies dans ce type « d'atome » est influencée par le noyau. Les hadrons peuvent même être absorbés par le noyau s'ils entrent dans le rayon d'action de l'interaction forte, offrant des perspectives intéressantes pour étudier la chromodynamique quantique.
Un onium désigne l'ensemble résultant de la liaison d'une particule avec son antiparticule :
Le muonium désigne un système formé d'un muon μ+ lié à un électron e−. C'est le seul atome exotique à avoir une durée de vie atteignant 2 µs.
Il s'agit d'atomes qui possèdent dans leur noyau un hypéron, c'est-à-dire un baryon pourvu d'un quark strange mais dépourvu de quark charm et de quark bottom.