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Carlos Baguer consacre vingt-deux années de son existence aux orgues de la cathédrale de Barcelone, à l'époque où Francesc Queralt est maître de chapelle. Il obtient la charge d'organiste comme suppléant en 1786 à la demande de son oncle Francesc Mariner. À la mort de ce dernier, il devient l'organiste titulaire de la cathédrale en 1789, poste qu'il détient jusqu'à sa mort. Malgré ses liens avec l'évêché de Barcelone, il a surtout bénéficié de la formation musicale de son oncle.
Il est une des figures musicales les plus importantes en Catalogne d'alors. Il a une réputation spéciale pour des interprétations et des improvisations sur l'orgue.
Ses dix-neuf symphonies font de lui, avec Luigi Boccherini et Gaetano Brunetti, le symphoniste principal de l'Espagne dans l'ère classique. La plupart de ses symphonies sont clairement sous l'influence des maîtres italiens et allemands — notamment Pleyel et Joseph Haydn, sans en avoir ni l'importance ou le génie... Baguer reste un petit maître.
La principesa filósofa (1797), opéra sur un livret de Carlo Gozzi, inspiré de la comédie El desdén con el desdén d'Agustín Moreto création : Barcelone, 1797 Teatre de la Santa Creu.