Lehrbuch der Zoologie (W. Braumüller, Vienne, 1854).
Éponges de la mer Adriatique (1862-1866).
Descendance et darwinisme (Germer Baillière, Paris, 1874, réédité en 1876, en 1880, en 1885). Edition de 1876 disponible en ligne sur LillOnum
Handbuch der vergleichenden Anatomie, Leitfaden bei zoologischen und zootomischen Vorlesungen (H. Dufft, Iéna, 1876).
Die naturwissenschaftlichen Grundlagen der Philosophie des Unbewussten (F.A. Brockhaus, Leipzig, 1877). Traduit de l'allemand par Jules Soury sous le titre Les Sciences naturelles et la philosophie de l'inconscient , Paris, Éd. Germer Baillière, coll. «Bibliothèque de philosophie contemporaine», 1879.
Les vers, les mollusques, les échinodermes, les zoophytes, les protozoaires et les animaux des grandes profondeurs (G. Baillière, Paris, 1884).
Les mammifères dans leurs rapports avec leurs ancêtres géologiques (édition française très augmentée par l'auteur, Félix Alcan, Paris, coll. «Bibliothèque scientifique internationale», 1887).
Allen G. Debus (dir.) (1968). World Who’s Who in Science. A Biographical Dictionary of Notable Scientists from Antiquity to the Present. Marquis-Who’s Who (Chicago) : xvi + 1855 p.
Hans-Joachim Böttcher: "Schmidt, Eduard Oscar", in: Bedeutende historische Persönlichkeiten der Dübener Heide, AMF - Nr. 237, 2012, S. 90–91