Après des études secondaires à l’Athénée royal de Bruxelles, Franz Cumont sort diplômé en philosophie et lettres de l’université de Gand en 1887, puis complète ses études à Berlin, Vienne et Paris. Il devient professeur à l'université de Gand, de 1892 à 1910. Il dirige plusieurs importantes expéditions archéologiques en Syrie et en Turquie ; ses recherches portent particulièrement sur les cultes polythéistes antiques et notamment sur le culte de Mithra, dont il propose une vision nouvelle dans son ouvrage Les Mystères de Mithra (1900). En 1936, il reçoit le prix Francqui.
Franz Cumont a joué un rôle important à l'origine de l'Academia Belgica de Rome, fondée en 1939, et pendant les premiers temps de son existence. Il a légué sa bibliothèque et ses archives scientifiques à cette institution.
F. Cumont, Lux perpetua, B. Rochette, A. Motte (eds.), Turnhout, Brepols Publishers, 2010, (ISBN978-88-8419-423-7)
F. Cumont, Les religions orientales dans le paganisme romain, C. Bonnet, F. Van Haeperen (eds.), Turnhout, Brepols Publishers, 2010, (ISBN978-88-8419-289-9)
F. Cumont, Astrologie, D. Praet, B. Bakhouche (eds.), Turnhout, Brepols Publishers, 2015, (ISBN978-90-74461-79-5)
La correspondance scientifique de Franz Cumont conservée à l'Academia Belgica de Rome, C. Bonnet éd., Rome, Institut historique de Rome, 1997, 590 p. (ISBN90-74461-25-5)
Les syncrétismes religieux dans le monde méditerranéen antique, Actes du colloque international en l'honneur de Franz Cumont à l'occasion du cinquantième anniversaire de sa mort, Rome, Academia Belgica, 25-, C. Bonnet et A. Motte dir., Rome, Institut historique de Rome, 1999, 402 p. (ISBN90-74461-27-1)
Corinne Bonnet, Le « Grand atelier de la science » : Franz Cumont et l'Altertumswissenschaft. Héritages et émancipations I. Des études universitaires à la fin de la Première Guerre mondiale (1888-1923), Bruxelles — Rome, Institut historique belge de Rome, 2005, 2 vol.
Annelies Lannoy, Corinne Bonnet et D. Praet éd., "Mon cher Mithra..." La correspondance entre Franz Cumont et Alfred Loisy, 2 vol. 1160 p. Paris, AIBL, 2019 (présentation sur le site de l'Académie des Inscriptions et Belles-Lettres). Diffusion Peeters.