En 1992, il est élu à la chaire d'égyptologie du Collège de France, où il enseignera jusqu'en 1997[6].
Jean Yoyotte s'est particulièrement intéressé à la géographie religieuse du delta du Nil et à la chronologie de la Troisième Période intermédiaire, qu'il refuse de considérer comme une « Basse Époque ». Ses recherches sur ces deux sujets ont livré des contributions majeures à l'histoire de l'Égypte antique[6],[7].
(en) La XXVIe dynastie : continuités et ruptures. Promenade saïte avec Jean Yoyotte : Actes du colloque international organisé les 26 et 27 novembre 2004 à l’Université Charles-de-Gaulle - Lille 3, Lille, Devauchelle D., , 280 p. (ISBN978-2-915840-30-8)
avec Thibault Monier, Identification des momies de deux familles de prêtres de Montou des XXVe-XXVIe dynasties égyptiennes : Actes du 3e colloque international de pathographie - Bourges 3,4 & 5 avril 2009, De Boccard, sous la direction de Philippe Charlier, , p. 85-126
avec Gabrielle Kueny, Collection égyptienne du Musée de Grenoble, 1979.