Jehan Alain, né dans une famille de musiciens, était l'aîné de quatre enfants. Le père, Albert Alain, organiste, compositeur et facteur d'orgue amateur, avait construit un orgue domestique et c'est sur cet instrument aujourd'hui installé à Romainmôtier, en Suisse, que Jehan débuta dès l'âge de 11 ans. Deux ans plus tard, il pouvait suppléer son père, nouvellement nommé titulaire du grand orgue de l'église Saint-Germain, dans sa ville natale.
Admis ensuite au Conservatoire national supérieur de Paris, il fut l'élève, entre autres, de Paul Dukas, Jean Roger-Ducasse, André Bloch, Georges Caussade et de l'organiste Marcel Dupré. Lors des cours d'improvisation avec ce dernier, les autres élèves préféraient jouer avant Jehan Alain pour ne pas trop souffrir de la comparaison[réf. nécessaire]. Lors de l'une de ces séances d'improvisation, il termina l'une d'elles dans une tonalité étrangère à celle de départ (ce qui n'est pas loin d'être « considéré comme un crime » !). Il dit alors : « Je me suis trompé ! ». Marcel Dupré lui répondit : « Eh bien, il faudrait vous tromper plus souvent ! »[réf. nécessaire].
Ses études au Conservatoire se soldèrent par les premiers prix d'harmonie, de contrepoint et fugue, d'orgue et improvisation.
Sa Suite pour orgue fut couronnée d'un premier prix de composition au concours des Amis de l'Orgue en 1936. La même année, il fut nommé organiste-titulaire à l'église Saint-Nicolas de Maisons-Laffitte. À Paris, il fut organiste de la synagogue de Nazareth. Après sa mort, Marie-Louise Girod lui succédera, au lendemain de la Seconde Guerre mondiale.
Tout au long de sa vie, il ne cessa de composer pour le piano, l'orgue, la musique de chambre, les voix (solistes et chœurs) et l'orchestre. Son catalogue comporte plus de 140 œuvres. Ses Litanies sont au répertoire des organistes du monde entier.
Sur à peu près dix années, il composa essentiellement des pièces d'orgue dont les plus célèbres restent les Litanies (1937) et les Trois Danses, ces dernières initialement prévues pour orchestre et transcrites secondairement pour orgue peu avant sa mort (1940). Selon Marie-Claire Alain, la sœur du compositeur, celui-ci aurait composé quelques pièces pour orchestre. Malheureusement, il prit les partitions avec lui lorsqu'il partit à la guerre et elles ne furent jamais retrouvées après sa mort au champ d'honneur[4].
Sa sœur, l'organiste Marie-Claire Alain, décédée le , jouait régulièrement ses œuvres. Elle en a réalisé deux intégrales sur disque : la première chez Erato et une autre, incomplète en réalité, chez Intrada.
Helga Schauerte-Maubouet, « Jehan Alain (1911-1940), L'homme et l'œuvre », Les Amis de l'orgue, Paris, no III, (traduction française par Pascal Guillot et Jean-François Gay de son ouvrage Jehan Alain (1911-1940), Das Orgelwerk. Eine monographische Studie, Regensburg, Gustav Bosse Verlag, 1983)
Étienne Delahaye, Valloires ou le souvenir de Jehan Alain, dans la revue « Plein Nord », n° 158, .
Marie-Claire Alain, Notes critiques sur l'œuvre d'orgue de Jehan Alain, Paris, Alphonse Leduc, 2001
Aurélie Decourt, Une famille de musiciens au XXe siècle, la famille Alain, Hermann Musique,
Helga Schauerte-Maubouet, Jehan Alain, Mourir à trente ans, Sampzon, Delatour France, 2020; traduction anglaise par Carolyn Shuster Fournier et Connie Glessner: Jehan Alain, Understanding His Musical Genius, Sampzon, Delatour France, 2022
Le catalogue JA (ci-dessous), créé en 2001 par Marie-Claire Alain[5], s'appuie partiellement sur un classement numérique que Jehan Alain avait fait de ses nombreux manuscrits. La numérotation de cette liste est arbitraire, elle ne suit pas la chronologie des œuvres. Durant sa courte vie, le compositeur avait ébauché un catalogue de ses œuvres en utilisant une dizaine de numéros d'opus. En 1945 Bernard Gavoty publie un premier catalogue chronologique en utilisant des numéros d'opus (93 œuvres recensées). Dans ses ouvrages de 1983 et de 1985 (voir Bibliographie ci-dessus), Helga Schauerte publie un catalogue raisonné comportant 120 œuvres. Ce catalogue est republié en 1999 par l'encyclopédie allemande MGG en utilisant le sigle AWV (Alain-Werke-Verzeichnis), puis en 2001 par The New Grove Dictionary of Music and Musicians. Complété par un catalogue des manuscrits, ce catalogue des œuvres a été actualisé dans ses ouvrages de 2020 et 2022 (voir Bibliographie).
1929 – 18 ans - 4 opus
JA 021 - Togo, pour piano []
JA 007 bis - Berceuse sur deux notes qui cornent, pour orgue []
JA 003 - Étude sur un thème de quatre notes, pour piano []
JA 008 - Chanson triste, pour piano [1929]
1930 – 19 ans - 14 opus
JA 009 - Ballade en mode phrygien, pour orgue ou piano []
JA 002 - Thème et cinq variations, pour piano []
JA 014 - Lamento, pour orgue []
JA 001 - Quarante variations, pour piano []
JA 017 - Des nuages gris, pour deux pianos []
JA 004 - Ecce ancilla Domini, pour piano []
JA 029 - Postlude pour l'Office de Complies, pour orgue []
JA 130 - Adagio, pour piano [, 1930]
JA 005 - Seigneur, donne-nous la paix éternelle (Choral), pour piano []
JA 007 - Étude de sonorité sur une double pédale, pour piano []
JA 010 - Étude sur les doubles notes, pour piano []
JA 020 - Pour le défrichage, pour piano []
JA 131 - Variations sur un thème donné de Rimsky-Korsakov, pour quatre voix []
JA 131A - Variations sur un chant donné de Rimsky-Korsakov, pour orgue []
JA 131B - Variations sur un thème donné de Rimsky-Korsakov, pour quatuor à cordes []
JA 129 - Lettre à son amie Lola pour la consoler d'avoir attrapé la grippe, pour piano [1930]
1931 – 20 ans - 12 opus
JA 012 - Petite rhapsodie, pour piano []
JA 016 - Mélodie-sandwich, pour piano [, 1931]
JA 006 - Verset-Choral, pour orgue ou piano []
JA 011 - Lumière qui tombe d'un vasistas, pour piano []
JA 015 - Histoire sur un tapis, entre des murs blancs, pour piano [May 1931]
JA 018 - Canons à sept, pour deux pianos [May 1931]
JA 013 - Heureusement, la bonne fée sa marraine..., pour piano [, 1931]
JA 019 - Nocturne, soir du 31, pour piano [, 1931]
JA 022 - En dévissant mes chaussettes, pour piano []