Joep Franssens a étudié la composition avec Louis Andriessen au Conservatoire Royal de La Haye. Puis en 1982, avec Klaas de Vries au Conservatoire de Rotterdam, où il a conclu sa période d'étude avec le Prix de composition en 1988.
La musique de Franssens relève du mouvement international de la « nouvelle spiritualité » en musique, dans la lignée du compositeur estonien Arvo Pärt ou de Guia Kantcheli. Parmi ses inspirations figurent des écrivains et philosophes comme Fernando Pessoa ou Baruch Spinoza[1].
Son Magnificat ouvre le festival de musiques spirituelles au Concertgebouw en 1999.
Ses compositions chorales ont été interprétées par les chœurs des orchestres de la radio suédoise, de la BBC, le Chœur national d’Estonie, celui de l’orchestre de chambre de la radio finlandaise et de l’orchestre de chambre des Pays-Bas. Elles font partie du répertoire du pianiste Ralph van Raat depuis 2000.
Le premier mouvement de l'Harmonie des Sphères a été sélectionné pour les journées SIMC de Maribor, en Slovénie, en , avec les BBC Singers menés par Stephen Betteridge. À l'automne 2012, le 100e concert de cette œuvre est présenté par l’orchestre symphonique de Rotterdam avec Conrad van Alphen. Le cycle complet est mis en scène à nouveau à l'automne 2014 par le chœur de la Radio-Télévision croate sous la direction de Tonči Bilić.
En 2004 Franssens a été invité par le Festival International Sakharov pour assister aux premières russes de son Sanctus pour orchestre et Intimation du printemps pour piano solo.