Krzysztof Meyer a étudié la composition à l'École nationale supérieure de musique de Cracovie, d'abord dans la classe de Stanislaw Wiechowicz et après sa mort avec Krzysztof Penderecki. Il a terminé les cours de composition en 1965 et un an après, ceux de théorie (il a reçu deux diplômes d'études supérieures avec distinction). Il poursuivit ensuite ses études dans le domaine de la composition et du jeu du piano à Paris, sous la direction de Nadia Boulanger.
Dans les années 1966-1968, Meyer collabore en tant que pianiste avec l'ensemble de musique d'avant-garde MW2, en donnant des concerts en Pologne et dans la plupart des pays européens.
Après avoir terminé ses études, il a commence son activité pédagogique. Il enseigne à l'École nationale supérieure de musique de 1966 à 1987, en exerçant en même temps la fonction du vice-recteur de l'académie (1972-1975), et de directeur de la Chaire de la Théorie de musique (1975-1987). Depuis 1987 il est professeur de composition à la Hochschule für Musik à Cologne. Il donne également des cours sur la musique contemporaine dans de nombreux pays (l'Autriche, le Brésil, la France, l'Allemagne, la Suisse, le Venezuela, l'Union Soviétique).
Krzysztof Meyer, en dehors du jeu du piano et de la pédagogie, a écrit également des ouvrages sur la musique. Il est auteur du premier livre polonais sur la vie et l'œuvre de Dmitri Chostakovitch et Witold Lutosławski ainsi que de quelques dizaines d'articles, consacrés surtout à la musique contemporaine, publiés en Pologne et à l'étranger. Dans les années 1971-1989, il est membre de la direction de l'Union générale des compositeurs polonais, dont il devient le président entre 1985-1989. Par ailleurs, entre 1974 et 1988, il prend part aux travaux du comité du programme du Festival international de la musique contemporaine « Warszawska Jesien » (Automne de Varsovie).
Il est membre de l'Akademie der Künste à Mannheim. En 1991-1992 il était compositeur en résidence à la Philharmonie de Cologne et en 1996 au Festival de Seattle (États-Unis). Ses compositions sont interprétées pendant des festivals européens, entre autres : le Festival de musique contemporaine « Warszawska Jesien », « Muzicki Biennale Zagreb », SIMC, « Holland Festival », « Musikprotokoll-Graz », le Festival à Aldeburgh, au Schleswig-Holstein et Lucerne Festival.
Il a écrit certaines compositions sur la commande d'interprètes de renommée mondiale : le Concerto pour flûte pour Aurèle Nicolet, le Concerto pour hautbois pour Lothar Faber, le Concerto pour clarinette pour Eduard Brunner, le Concerto pour violon pourDimitri Sitkovietski, la Trilogie lyrique pour Peter Pears, Pezzo Capriccioso pour Heinz Holliger, les compositions pour violoncelle pour David Geringas, Ivan Monighetti et Boris Pergamenchtchikov. En 1970, sa Première Symphonie était une des compositions contemporaines obligatoires pendant le Stage international de la direction d'orchestre à Monte-Carlo dirigé par Igor Markevitch et son Hommage à Johannes Brahms était une œuvre obligatoire pendant le Concours International de la Direction d’Orchestre à Dublin en 1999.
Krzysztof Meyer, Dmitri Schostakowitch. Erfahrungen, Leipzig 1983
Krzysztof Meyer, Prokofjew und Schostakowitsch, in: Bericht über das internationale Symposion "Sergej Prokofjew – Aspekte seines Werkes und der Biographie", Regensburg 1993, s. 111–133
Krzysztof Meyer, Analyse musikalischer Form in Psychologischer Hinsicht, in: Musikpedagogik als Aufgabe, Kassel 2003