Il fait des études de lettres puis devient élève de la Scuola di archeologia de Rome (1897). En 1900, il est intégré à la mission italienne en Crète. Federico Halbherr lui confie alors les fouilles de Phaïstos.
En 1909, il devient directeur de l’École italienne d'archéologie à Athènes qu'il organise. Surintendant des fouilles d'Étrurie (1916), il enseigne l'archéologie à l'Institut d'études supérieures de Florence puis occupe la chaire d'archéologie de l'université de Florence (1922).
Il fouille à Cyrène en 1925 puis, à la mort de Helbherr, dirige la mission de Crète. Il meurt brutalement lors d'une mission à Rhodes.
A proposito di alcuni lavori eseguiti recentemente nell'interno del Teatro di Marcello. Roma : Tipografia della Reale Accademia dei Lincei, 1901
Commemorazione del socio Federico Halbherr fatta dal corrispondente. Roma, Dott. Giovanni Bardi tipografo della Reale Accademia Nazionale dei Lincei, 1931
Di una citta ellenica arcaica scoperta a Creta dalla Missione italiana. Roma : Calzone, 1909
Heliogabalus : M. Aurelius Antoninus. Roma : L. Pasqualucci, 1911
Il disco di Phaestos con caratteri pittografici. Roma : tip. dell'Unione editrice, 1909
Il palazzo minoico di Festos : Scavi e studi della missione archeologica italiana a creta dal 1900 al 1934. Vol. I. Gli strati piu antichi e il primo palazzo. (r. Istituto d'archeologia e storia dell'arte). Roma : Ist. Poligr. Dello Stato, Libreria, 1935
Il palazzo minoico di Festos : scavi e studi della Missione archeologica italiana a Creta dal 1900 al 1934. Roma : Libreria dello Stato
Il tempio e l'altare di Apollo a Cirene : scavi e studi dal 1925 al 1934 : con 126 illustrazioni e dodici tavole fuori testo. Bergamo : Istituto italiano d'arti grafiche, 1935
L'Odeum dell'Agorà di Gortina presso il Leteo. Bergamo : Istituto Italiano d'Arti Grafiche, 1927
La raccolta archeologica Bargagli a Sarteano presso Chiusi. Siena : Stab. d'Arti grafiche S. Bernardino, 1920
Lavori eseguiti a Festos dalla Missione Archeologica Italiana dal 15 febbraio al 28 giugno 1901 : relazione. Roma : [s.n.], 1901
Lavori eseguiti dalla Missione Archeologica italiana nel palazzo di Phaestos dal 10 Febbraio al 28 maggio 1902 : relazione. Roma : Tipografia della Reale Accademia dei Lincei, 1903
Lavori eseguiti dalla missione archeologica italiana in Creta dal 2 aprile al 12 settembre 1906 : relazione di Luigi Pernier al prof. Ettore De Ruggiero .... Roma : Tipografia della Reale Accademia dei Lincei, 1907
Luigi Savignoni e la sua opera scientifica. Firenze : Stab. tip. E. Ariani, 1918
Mura laterizie e terrecotte figurate di Arezzo antica. Roma : Tipografia della Reale Accademia naz. dei Lincei, 1920
Nuove scoperte archeologiche a Tarquinii : (1904-1906). Roma : Tipografia della Reale Accademia dei Lincei, 1907
Per lo studio del tempio etrusco. Roma : Nuova Antologia, 1927
Recenti scoperte archeologiche degl'italiani a Creta. Roma : Nuova Antologia, 1927
Ricognizioni archeologiche nelle sporadi. Roma : E. Calzone, 1914, Tip. Ed. Romana
Ricordi di storia etrusca e di arte greca della città di Vetulonia. Roma : Tipografia della Reale Accademia dei Lincei, 1914
Scavi della missione archeologica italiana in Creta nel 1907. Roma : Calzone, 1907
Scavi della missione italiana a Phaestos, 1900-1901 : rapporto preliminare. Roma : Tipgrafia della Reale Accademia dei Lincei, 1902
Studi sul teatro di Marcello. Roma : Tipografia Cuggiani, 1928
Templi arcaici sulla Patela di Prinias : contributo allo studio dell'arte dedalica. Bergamo : Istituto Italiano d'Arti Grafiche, 1914
Tombe eneolitiche del Viterbese (Roma). Parma : Stab. tipo-litografico L. Battei, 1905
Tumulo con tomba monumentale al Sodo presso Cortona. Roma : Bardi, 1925
Un singolare monumento della scrittura pittografica cretese. Roma : Tipografia della Reale Accademia dei Lincei, 1909
Vestigia di una Citta ellenica arcaica in Creta. Milano : U. Hoepli, 1912