Mikko Heiniö étudie le piano avec Liisa Pohjola(fi) et la composition avec Joonas Kokkonen à l'Académie Sibelius d'Helsinki de 1971 à 1975. Puis il étudie la composition avec Witold Szalonek à Berlin-Ouest entre 1975 et 1977 alors qu'il commence dans le même temps, des études en musicologie à l'Université de Helsinki. Il obtient un diplôme en composition de l'Académie Sibelius en 1977 et un doctorat en musicologie de l'Université de Helsinki en 1984, où il a enseigné entre 1977 et 1985[1]. Il est nommé professeur de musicologie à l'Université de Turku en 1986 et enseigne jusqu'en 2005. Il est le compositeur en résidence de l'Orchestre Philharmonique de Turku depuis 1997. Heiniö est également membre du Conseil d'administration de Teosto (la société des droits d'auteurs finlandais) et est également président de la Société des compositeurs finlandais entre 1992 et 2010.
Les compositions d'Heiniö comprennent neuf concertos pour piano, deux symphonies et de nombreuses œuvres de musique de chambre pour diverses combinaisons d'instruments. Il a écrit trois opéras : l'opéra d'église Riddaren och draken (« Le Chevalier et le dragon », 2000), Käärmeen hetki (« L'Heure du serpent »), créé en et Eerik XIV (« Erik XIV »), créé en . Son œuvre comprend également des œuvres pour piano ainsi que des œuvres vocale et de musique chorale.
Heiniö est également un éminent écrivain sur la musique, spécialisés dans le domaine de la nouvelle musique finlandaise. Il a écrit une trentaine de livres et près d'une centaine d'articles. Sa musique a été enregistrée entre autres, sur les labels BIS, Finlandia et Sony.
« Du néoclassicisme au pluralisme : les compositeurs contemporains finlandais font leur apparition », dans Finnish Music Quarterly, numéro spécial en français, 1990 : 2, p. 30–39 (OCLC491848451)
Suomalaisia säveltäjiä (« Les compositeurs finlandais »), 1994 (OCLC243806217)
(ru) Natal'â Starikova, « Koncert dlja orkestra Mikko Hejniö: K voprosu o postmodernizme v finskoj muzyke » [Concerto pour orchestre de Mikko Heiniö : La question du postmodernisme dans la musique finlandaise], dans О музыке композиторов Финляндии и скандинавских стран [La musique finlandaise et autres compositeurs scandinaves], éd. de Kiralina Iosifovna Ûžak, p. 79–93. Saint Petersbourg, Gosudarstvennaâ Konservatoriâ imeni N.A. Rimskogo-Korsakova (ISBN5-88718-024-2).