Lors de ses études, son talent d'écriture est remarqué par François Bon, professeur de création littéraire, qui l'encourage à mettre de l'avant sa voix[2].
Elle commence alors à participer à des concours de création littéraire, notamment au Concours canadien de rédaction et d’art pour autochtones, et à rédiger des textes qui donneront lieu à son œuvre intitulée Kuessipan[3]. Elle poursuit ensuite son parcours littéraire dans le cadre du programme Première ovation de l'Institut canadien de Québec sous le mentorat de Jean Désy[4].
Composé de soixante-six textes portant sur des actes simples de la vie quotidienne, son premier roman poétique, Kuessipan publié chez Mémoire d'encrier en 2011 connaît un véritable succès et lui vaut une mention au Prix des cinq continents de la francophonie[5],[6],[7],[8]. Ce livre sera ensuite publié en France à la maison d'édition Le Serpent à Plumes[3].
C'est alors qu'elle retourne à Uashat et commence sa carrière d’enseignante auprès des adolescents de sa communauté. Son deuxième roman, Manikanetish (Mémoire d’encrier, 2017), s'inspire de ceux-ci et met en lumière leur persévérance et leur courage[9],[10],[11],[12],[13]. Ce roman est d'ailleurs en développement chez ZONE3 pour une série télé à Radio-Canada[14]. En 2019, elle publie Shuni : ce que tu dois savoir, Julie, son premier essai, publié chez Mémoire d'encrier[15],[16],[17],[18].
Naomi Fontaine cherche à déconstruire les stéréotypes portés sur les communautés innues en redonnant une place importante, à travers ses écrits, à leur pouvoir ainsi qu'à leur histoire[19],[1],[20].
Ayant également publié dans diverses revues et collectifs, Naomi Fontaine collabore notamment avec Laure Morali et Rodney Saint-Éloi (Les bruits du monde, 2012) ainsi qu'avec Michel Jean (Amun, 2016)[1],[21]. Par ailleurs, elle édite et préface deux livres d’An Antane Kapesh Je suis une maudite Sauvagesse (2019) ainsi que Qu'as-tu fait de mon pays? (2020)[1],[22].
En 2019 Kuessipan est réalisé par la cinéaste Myriam Verreault et adapté au cinéma par Max Films Média, lequel remporte des éloges, tant au Québec qu'à l'international[23].
Tracer un chemin : Meshkanatsheu : Écrits des Premiers peuples, sous la direction d’Olivier Dezutter, Naomi Fontaine et Jean-François Létourneau, Wendake, Hannenorak, 2017, 183 p. (ISBN9782923926254)
« Neka », dans Michel Jean (dir.), Amun, Holstein, Ontario, Exile Editions, 2020, 101 p. [traduction en anglais par Kathryn Gabinet-Kroo] (ISBN9781550968774)
« Neka », dans Michel Jean (dir.), Amun, Autriche, Wieser Verlag, 2020, 152 p. [traduction en allemand par Michael von Killisch-Horn] (ISBN9783990293867)
Manikanetish, Toronto, Arachnide Editions, 2021, 168 p. [traduction en anglais par Luise von Flotow].
Manikanetish : lille Marguerite, Copenhague, Forlaget Republik, 2021, 148 p. [traduction en danois par François-Eric Grodin] (ISBN9788792976451)
Die kleine Schule der großen Hoffnung, Munich, C. Bertelsmann, 2021, 144 p. [traduction de Manikanetish en allemand par Sonja Finck] (ISBN357010382X)
« Tshitissinat, notre territoire: ce qui tu dois savoir, Julie », Un territoire à partager : l’art du paysage au Canada, Vancouver, Figure 1 Publishing, 2017 [paru en anglais sous le titre The Good Lands : Canada through the Eyes of Artists]. (ISBN9781773270258) et (ISBN9781773270241)
« Je suis une maudite sauvagesse », Le Devoir, 23 juin 2018, p. D30.
An Antane Kapesh, Tanite nene etutamin nitassi? / Qu'as-tu fait de mon pays?, édité et préfacé par Naomi Fontaine, Montréal, Mémoire d'encrier, 2020. [traduction française de José Mailhot] (ISBN9782897127107), (ISBN9782897127114), (ISBN9782897127091) et (ISBN2897127090)
« La première leçon », texte inédit sur Lire vous transporte, juin 2021, en ligne.