Netzarim est une ancienne colonie israélienne fondée en 1984. À l'origine il s'agissait d'un kibboutz qui est devenu quelques années après un village. La colonie, qui comptait 60 familles, fut la dernière de la bande de Gaza à être évacuée en conformément au plan de désengagement.
La première attaque de la seconde intifada, un attentat à la bombe, a lieu à Netzarim le [1], provoquant la mort d'un Israélien.
Netzarim est évacuée dans le calme le . Ce retrait met fin à 38 ans d'occupation israélienne dans la bande de Gaza. Certains des colons partent fonder le moshav Bnei Netzarim (les « Fils de Netzarim »), dans l'ouest du Néguev.
Le , des Palestiniens incendient et vandalisent la synagogue, levant des drapeaux du Hamas et du Jihad islamique palestinien à son sommet[2]. Elle sera détruite ce jour-là[3].