Pseudotropheus johannii peut mesurer jusqu'à 100 mm de longueur totale[2]. Les mâles sont bleu ciel brillant à bleu foncé ; les couleurs présentent un motif en « damier » avec une alternance de taches claires et sombres ; plusieurs « taches d'œufs » de couleur claire sur leur nageoire anale ; les femelles et les juvéniles sont jaune-orangé vif[2].
Son épithète spécifique, johannii, lui a été donnée en l'honneur de John Johns, un collecteur de poissons du lac Malawi pour le marché aquariophile (Johann étant la variante germanique du prénom John)[4].
(en) D. H. Eccles, « Two new species of cichlid fishes from Lake Malawi (formerly known as Lake Nyasa) », Arnoldia. Rhodesia[5],[6], Zimbabwe, vol. 6, no 16, , p. 1-7 (ISSN0066-7781).