Rosetta@home
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Rosetta@home est un projet de calcul distribué ouvert le . Son objectif est déterminer la structure de protéines, afin de pouvoir élaborer des traitements contre les principales pathologies humaines. Ce projet est mené par le laboratoire du professeur David Baker (en) de l'université de Washington. En , le projet a une puissance de calcul de 156 téraFLOPS[1].
Logiciel et ordinateurs
[modifier | modifier le code]Rosetta@home est un projet informatique de calcul distribué qui utilise le système BOINC disponible sur les plates formes Windows, Linux, et Mac OS X. La participation au projet nécessite un ordinateur doté au minimum d'un processeur ayant une fréquence d'horloge de 500 MHz, de 200 Mo d'espace disque disponible, de 512 Mo de mémoire vive et d'une connexion internet[2].
Le protocole HTTP (port 80) est utilisé pour les communications entre le client BOINC et les serveurs de Rosetta@home à l'Université de Washington. Les échanges de mots de passe se font via le protocole sécurisé HTTPS (port 443). Le contrôle du client BOINC se fait par les ports 31416 et 1043. Les unités de travail (ou workunits dans le vocabulaire de BOINC désignant une unité de travail confiée à un client) contenant les données des protéines assignées sont distribués aux clients depuis un serveur situé dans le laboratoire Baker d'Université de Washington. Les clients calculent ensuite séparément les prédictions des protéines qui leur sont assignées. Afin d'éviter que la même protéine soit assignée à plusieurs clients différents, chaque unité de travail, ou workunit, possède un identifiant généré aléatoirement.
La recherche liée aux maladies
[modifier | modifier le code]Outre la recherche dans le calcul de méthodes fondamentales, Rosetta@home est directement liée à la recherche contre certaines maladies[3] :
- Malaria ;
- Anthrax ;
- HIV ;
- Maladie d'Alzheimer ;
- Cancer :
- et d'autres virus.
Résultats
[modifier | modifier le code]Le , des chercheurs publient un article s'appuyant sur les calculs de Rosetta@home dans Journal of Molecular Biology. Ils indiquent avoir découvert un état fonctionnel pertinent[4].
Foldit
[modifier | modifier le code]En les utilisateurs de Rosetta@home suggèrent une version interactive du programme de calcul distribué, le laboratoire Baker propose le jeu vidéo expérimental Foldit, basé sur le programme Rosetta@home. Foldit utilise les algorithmes de ce dernier, notamment pour le calcul d'énergie des protéines. De nombreux puzzles proposés aux joueurs de Foldit sont issus de prévisions calculées par Rosetta@home.
Références
[modifier | modifier le code]- Statistiques détaillées du projet Rosetta@home (site BOINC-Stats)
- (en) Rosetta@home : Recommended System Requirements « Copie archivée » (version du sur Internet Archive) Rosetta@home, Université de Washington. 2011. Consulté le 5 octobre 2013
- Rosetta@home : La recherche liée aux maladies « Copie archivée » (version du sur Internet Archive) Rosetta@home, Université de Washington. 2007. Consulté le 5 octobre 2013
- (en) Michael D. Tyka, « Alternate States of Proteins Revealed by Detailed Energy Landscape Mapping », Journal of Molecular Biology, (ISSN 0022-2836, DOI 10.1016/j.jmb.2010.11.008, lire en ligne)
Voir aussi
[modifier | modifier le code]Liens internes
[modifier | modifier le code]- Calcul distribué ;
- Protéine et protéomique ;
- Folding@Home ;
- Proteins@home ;
- SIMAP ;
- BOINC ;
- Charity Engine.
Liens externes
[modifier | modifier le code]- (fr) Le site officiel du projet
- (mul) La statistique du projet
- (fr) Rosetta@home sur le site de l'Alliance francophone.
