En 2383, cinq ans après le retour de l'USS Voyager sur Terre, Dal, un jeune extraterrestre rêveur, est esclave sur la colonie dirigée par le criminel connu sous le nom de « Devin », son bras droit Drednock et sa fille Gwynala (alias Gwyn). Rêvant de s'échapper, il est manipulé par Gwyn pour retrouver Zéro, un fugitif qui inspire l'espoir chez les esclaves. Mais alors qu'il parvient à rejoindre Zéro, il tombe sur un vaisseau abandonné de Starfleet, l'USS Protostar. Avec l'aide de Zéro, d'un mécano Tellarite appelé Jankom Pog, d'un Brikar timide du nom de Rok-Takh, d'un Blob glouton surnommé "Murf" et de Gwyn, il parvient à s'échapper et cet équipage insolite commence à explorer la galaxie en direction de l'espace de la Fédération tout en suivant l'enseignement d'un hologramme basé sur le Capitaine Kathryn Janeway. Mais Le Devin et Drednock se lancent à la poursuite du Protostar, pour lequel ils ont des projets bien particuliers[2],[3],[4].
En juin 2018, après avoir été engagé comme show runner de Star Trek: Discovery, Alex Kurtzman signe un contrat de cinq ans avec CBS Television Studios pour développer davantage l'univers Star Trek avec divers séries, mini-séries et séries d'animations[6]. Après l'annonce de la série d'animation pour adultes humoristique Star Trek: Lower Decks, Alex Kurtzman déclare en janvier 2019 qu'au moins une autre série d'animation sera produite dans le cadre de l'expansion de la franchise Star Trek. Cette autre série est présentée comme plus axée vers le jeune public et est prévue sur un autre canal de diffusion que CBS All Access (future Paramount+)[7].
Les frères Kevin et Dan Hageman rejoignent le projet comme scénaristes en février 2019, alors que Nickelodeon envisage de diffuser cette nouvelle série animée, qui est envisagée comme l'une des marques fortes de la chaine selon le président Brian Robbins[8]. Un mois plus tard, Alex Kurtzman confirme officiellement le projet et révèle que les négociations avec Nickelodeon sont quasiment abouties. Il espère alors que la série sera prête pour 2021 ou 2022[9]. Nickelodeon commande officiellement la série en avril 2019. Il est par ailleurs annoncé que Rod Roddenberry (fils de Gene Roddenberry) participera à la production[10]. Il est ensuite précisé que la chaine a commandé deux saisons[11].
Dans un article sur la franchise Star Trek publié dans The Wall Street Journal en janvier 2020, la série est intitulée Star Trek: Prodigy[12]. La série est officiellement confirmé en juillet 2020 tout comme sa diffusion courant 2021[13]. En février 2021, ViacomCBS annonce que Prodigy sera également diffusée sur la plateforme Paramount+[14].
Lors du New York Comic Con 2020, il est annoncé que Kate Mulgrew va à nouveau interpréter Kathryn Janeway, personnage de la série en prise de vues réellesStar Trek: Voyager (1995-2001)[15]. L'actrice était initialement réticente à l'idée de reprendre ce rôle mais s'est finalement laissé convaincre par l'idée de présenter l'univers de Star Trek à une nouvelle génération de fans[16].
Les voix des personnages principaux sont annoncées en juin 2021 : Rylee Alazraqui dans le rôle de Rok-Tahk, Brett Gray dans le rôle de Dal, Angus Imrie dans le rôle de Zero, Jason Mantzoukas dans le rôle de Jankom Pog, Ella Purnell dans le rôle de Gwyn et Dee Bradley Baker dans le rôle de Murf[4]. Le mois suivant, John Noble est annoncé pour prêter sa voix à The Diviner, alors que Jimmi Simpson sera son bras-droit Drednok
[17].
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La première saison reçoit des critiques globalement positives. Sur l'agrégateur américain Rotten Tomatoes, elle récolte 89% d'opinions favorables pour 9 critiques et une note moyenne de 8,5⁄10[24]. Sur Metacritic, il obtient une note moyenne de 68⁄100 pour 5 critiques[25].