La résistance de Theodor Haecker s'appuie sur une anthropologie culturelle de l'homme, fondée sur cette sentence de Tertullien : "l'âme est naturellement chrétienne". Au néo-paganisme nazi qui commence à triompher en Allemagne, Theodor Haecker oppose la figure de Virgile dans Virgile, père de l'Occident (traduit et publié par Jacques Maritain) où il rappelle que « les Grecs et les Romains ont accepté que le salut ne vienne pas d’eux, mais des Juifs ».
Il est surveillé par le régime nazi dès la publication de son ouvrage Le Chrétien et l'histoire. Ses écrits sur la « Bête » lui valent rapidement une interdiction d'écrire et de parler en public.
Condamné au silence, il entame alors la rédaction de ses Tag- und Nachtbücher (« Journal de jour et de nuit »). Ces documents, où il développe son opposition au régime nazi, servent de base intellectuelle à La Rose blanche, groupe de résistance animé par Hans et Sophie Scholl. Il met à disposition de ce réseau son atelier de Munich pour imprimer les quatre tracts par lequel la Rose Blanche appellera les intellectuels allemands à la résistance en 1942. Il anime également des réunions de lecture et de débat avec des étudiants de Munich, dont Hans et Sophie Scholl. Après le démantelement de la Rose blanche, la Gestapo accentue sa mise sous surveillance.
Karin Masser: Theodor Haecker. Literatur in theologischer Fragestellung. Peter Lang, Frankfurt am Main 1986, (ISBN3-8204-8747-6).
Hinrich Siefken (Bearb.): Theodor Haecker 1879–1945 (= Marbacher Magazin; 49). Deutsche Schillergesellschaft, Marbach 1989. (Mit Haecker-Bibliographie von Eva Dambacher.)
Michael Langer(de): Theodor Haecker 1879–1945. In: Emerich Coreth u. a. (Hgg.): Christliche Philosophie im katholischen Denken des 19. und 20. Jahrhunderts. Bd. 3. Graz 1990, S. 216–225
Bernhard Hanssler (Hrsg.): Theodor Haecker. Leben und Werk. Texte, Briefe, Erinnerungen, Würdigungen (= Esslinger Studien; Schriftenreihe, Band 15). Archives de la ville d'Esslingen(de), Esslingen 1995.
Jürgen Klöckler: Abendland – Alpenland – Alemannien. Frankreich und die Neugliederungsdiskussion in Südwestdeutschland 1945–1947. Oldenbourg, München 1998, (ISBN3-486-56345-9) (Volltext digital verfügbar), S. 129.
Gebhard Fürst (Hrsg.): Theodor Haecker 1879–1945. Verteidigung des Bildes vom Menschen. Akademie der Diözese Rottenburg-Stuttgart, Stuttgart 2001, (ISBN3-926297-82-4).
Hinrich Siefken: Totalitäre Erfahrungen aus der Sicht eines christlichen Essayisten: Theodor Haecker im Dritten Reich. In: Frank-Lothar Kroll (Hrsg.): Die totalitäre Erfahrung: deutsche Literatur und Drittes Reich. Berlin 2003, (ISBN978-3-428-11277-7), S. 117–151.