Elle a comme 1er administrateur Daniel Laurent, qui a été directeur adjoint du cabinet du ministre des universités de 1976 à 1978, puis nommé vice-chancelier des universités de Paris entre 1978 et 1981[5]. Son logo représente deux oiseaux s'envolant dans le ciel. Elle adopte déjà la couleur orange.
En 2007, elle devient membre fondateur du pôle de recherche et d'enseignement supérieur « université Paris-Est » qui devient, en 2014, une communauté d'universités et établissements. En février 2014, le souhait d'une fusion avec l'université Paris-Est-Créteil-Val-de-Marne est annoncé par les conseils d'administration des deux établissements[6], mais la fusion n'a pas lieu.
L'université accède aux « compétences élargies » au 1er janvier 2009[2].
Le 1er octobre 2013 l'université change d'acronyme (elle devient UPEM à la place d'UPEMLV), de logo, et d'identité visuelle[7].
L'université devient l'établissement expérimental « Université Gustave-Eiffel » au . L'École nationale supérieure d'architecture de Paris-Est et l'École des ingénieurs de la Ville de Paris en sont des établissements-composantes[3].
Les universités disposent selon le code de l’éducation d’une autonomie de fonctionnement et sont régies par une démocratie interne voulue et organisée par les lois de 1968 (« Loi Faure »), de 1984 (« loi Savary »), de 2007 (« loi LRU ») et de 2013 (« loi ESR »). Plus exactement la gouvernance des universités est régie par les articles L712-1 et suivants du code de l'éducation[8].
Conformément au code de l'éducation qui fixe l’organisation légale des universités publiques en France, l’UPEM se découpe en plusieurs composantes. On trouve d’une part les unités de formation et de recherche (UFR) et d’autre part les « instituts et écoles ». Ainsi, l’université est structurée en 12 composantes (6 instituts et 6 UFR)[10] :
Le bâtiment Copernic, qui représente près d'un quart des surfaces utilisées par l'UPEM fin 2016[11], a été acheté en 1997 pour l'université par l'État. Conçu par l'architecte Bertrand Bonnier et construit pour l'entreprise d'informatique Bull en 1988[12], il est rénové de 2017 à 2019 grâce à des crédits « campus prometteur » de l'Opération Campus[13], dans le cadre d'un partenariat public-privé[14].
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L'université Paris-Est-Marne-la-Vallée envoie ses étudiants et chercheurs dans d'autres établissements d'enseignement et de recherche à l'international, grâce à de nombreux accords et programmes d'échange. Programme Erasmus[15], Accords CODOFIL (Louisiane, ÉUA)[16], Programme MICEFA (États-Unis)[17], Accord CREPUQ (Québec)[18], Accord SAAS (Écosse)[19], Accords de coopération bilatéraux (convention)[20].
L’UPEM est tutelle de quinze unités de recherche dont quatre associées au CNRS réparties au sein de cinq départements de la communauté d'universités et d'établissements (COMUE) Université Paris-Est[21] :
département « mathématiques et STIC » ;
département « sciences, ingénierie et environnement » ;
département « ville, transports et territoires » ;
département « organisations, marchés, institutions » ;
département « cultures et sociétés ».
L’UPEM s’appuie sur trois pôles de compétitivité[21] :
Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur, L'université de Marne-la-Vallée, Rapport d'évaluation des Licences, Paris, , 59 p.
Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur, L'université de Marne-la-Vallée, Rapport d'évaluation des Masters, Paris, , 178 p.
Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur, L'université de Marne-la-Vallée, Rapport d'évaluation des écoles doctorales, Paris, , 45 p.
Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur, L'université de Marne-la-Vallée, Rapport d'évaluation, Section des établissements, Paris, , 42 p.