בין השנים 1986–1988 היא חידשה את החפירות בבית הקברות הדרומי שבאכזיב, בהן נחשפו קברים שלא נתגלו בעבר ובהם ממצאים פיניקיים רבים.
בקיץ 2005 היא חשפה את מבנה האבן הגדול בעיר דוד. על סמך התיארוך, המיקום והגודל, מזר העלתה את האפשרות כי המבנה שימש ארמונו של דוד המלך. התגלית זכתה לסקירה תקשורתית רחבה, בין השאר בגלל השערה זו ובגלל בולה (חותם) שנמצאה באתר הנושאת את השם יהוכל בן שלמיהו (דמות מקראית). ארכאולוגים אחרים הגיבו בהתרגשות לגבי הממצא, אך באופן זהיר יותר לגבי ההשערה שמדובר בארמונו של דוד.
ב-2010 ד"ר אילת מזר הכריזה על חשיפת קטע חומה מסביב לעיר דוד המתוארך לדעתה לימי שלמה המלך, וכנראה נבנה על ידיו. אם התארוך נכון, ממצא זה עולה בקנה אחד עם המתואר במקרא.
מזר הייתה בין אישי הציבור שהקימו את הארגון הא-פוליטי[4] "הוועד הציבורי למניעת הרס העתיקות בהר הבית", בו היו חברים אנשי רוח, אישי ציבור, ארכאולוגים, משפטנים ואנשי ביטחון. היא הייתה אחת הפעילות הבולטות בו.
מזר נפטרה ב-25 במאי 2021.[5] התגוררה בירושלים והייתה אם לארבעה.[5]הובאה למנוחות בבית העלמין של מושב ניר עציון .
Mazar, Eilat (2004). The Phoenician Family Tomb N.1 at the Northern Cemetery of Achziv (10th-6th Centuries BCE). Sam Turner Expedition. Final Report of the Excavations (Cuadernos de Arquelogia Mediterranea 10), Barcelona.
Mazar, Eilat (2003). The Phoenicians in Achziv, The Southern Cemetery. Jerome L. Joss Expedition. Final Report of Excavations 1988-1990 (Cuadernos de Arquelogia Mediterranea 7), Barcelona.
Mazar, Eilat (2003). The Temple Mount Excavations in Jerusalem 1968–1978 Directed by Benjamin Mazar Final Reports Vol. II: The Byzantine and Early Islamic Periods. Qedem. Vol. 43. Jerusalem: Institute of Archaeology, Hebrew University of Jerusalem.
Mazar, Eilat (2002). The Complete Guide to the Temple Mount Excavations. Jerusalem: Shoham Academic Research and Publication. ISBN965-90299-1-8.
Mazar, Eilat (1999). The Monastery of the Virgins - Byzantine Period - Temple Mount Excavations in Jerusalem. Institute of Archaeology, Hebrew University of Jerusalem.
Mazar, Eilat. with Mazar, B. (1989). "Excavations in the South of the Temple Mount". The Ophel of Biblical Jerusalem, Jerusalem.