לפני הקמת מדינת ישראל קיימו המועדונים הפלסטינים טורניר אליפות בין הקבוצות הערביות המקומיות, בניהול פדרציית הספורט הערבית פלסטינית (APSF).
ב-1976-1977 התקיימה ליגה בת 6 מועדונים באזור הגדה: סילוואן שזכתה בליגה בהפרש 28 נקודות מהשאר, אל-עראבי בית צפאפא, ימק"א, קבוצת אל-בירא ושבאב אל-ח'ליל. ב-1982 זכתה קבוצת שבאב אל-ח'ליל באליפות מחוז הגדה בליגה בת 24 קבוצות, והקדימה את קבוצת ימק"א שסיימה במקום השני ב-5 נקודות בלבד. ב-1984 זכתה קבוצת מרכז טול-כרם באליפות המחוז בליגה בת 12 קבוצות, והקדימה את קבוצת חאטין שסיימה במקום השני בנקודה אחת בלבד. ב-1985 זכתה בפעם השנייה שבאב אל-ח'ליל בליגה של 12 קבוצות, והקדימה את ת'קאפי טול-כרם שסיימה במקום השני ב-6 נקודות. בעונה זו זכתה קבוצת אל-אהלי עזה באליפות מחוז עזה. בשנים הבאות זכתה גם קבוצת קדאמת אל שע'טיה ב-2 אליפויות עוקבות. קאדמת רפיח זכתה בעונת 1995/1996 במחוז עזה. ב-1997 זכתה קבוצת מרכז שבאב אל-אמערי באליפות הראשונה בליגה של 16 קבוצות, והקדימה את ת'ראפי טול-כרם שסיימה במקום השני ב-7 נקודות, כאשר במחוז עזה זכתה מ.ס. רפיח באליפות המקומית לעונה זו.
הליגה הוקמה בשנת 1998, כליגה חצי-מקצוענית והורכבה משני אזורים: הגדה המערבית ורצועת עזה. לפי חוקת הליגה, בסוף העונה משחקת אלופת הגדה המערבית מול אלופת רצועת עזה על מנת לקבוע מיהי אלופת פלסטין. אך בפועל משחק זה התקיים רק פעמיים בשנת 1999 ובשנת 2000. בפעם האחרונה, ביוני 2000, זכתה באליפות הקבוצה העזתית, צעירי רפיח. כמה חודשים לאחר סוף אותה עונה, החלה האינתיפאדה השנייה. מאז לא שיחקו יותר קבוצות כדורגל מרצועת עזה נגד קבוצות כדורגל מהגדה המערבית, מאחר שמדינת ישראל מונעת ברוב המקרים מעבר של שחקנים בין הגדה לרצועה, ולמעשה הן מתפקדות כשתי ליגות נפרדות.[2][3][4]
בשנות האינתיפאדה ליגת הכדורגל הפלסטינית, ברצועת עזה ובגדה המערבית, הופסקה פעמים רבות. הדבר נבע ממספר רב של סיבות, לרבות חוסר יכולת תנועה, סגר וכתר, פגיעה במתקני ספורט. בשנים 2005–2006 חזרה הליגה לפעילות כאשר קבוצת טול-כרם מרכז זכתה באליפות הגדה (2006), וקאדמת רפיח זכתה באליפות עזה (2005/2006). ב-2007 בוטלה הליגה ברצועת עזה, ובגדה זכתה קבוצת ואדי א-ניס באליפות השנייה שלה. רק בעונת 2008/2009 חזרה הליגה לתפקד במתכונת מלאה עונתית.[5] שנה לאחר מכן בוטלה הליגה פעם נוספת ברצועת עזה בעקבות המצב הביטחוני, ובגדה המערבית זכתה קבוצת ג'בל מוכאבר ממזרח ירושלים.
החל מעונת 2010/2011 מתקיימת הליגה במתכונת מקצוענית, תחת החסות של חברת הסלולר הפלסטינית – "ג'וואל". מעונת 2011/2012 הוחלט לשנות את התקנון ולאפשר לערבים-ישראלים ושחקנים זרים להשתתף, ולמעלה מ-30 שחקנים ישראלים שיחקו בליגה בעונה זו,[9] ביניהם: עלי חטיב (לשעבר שחקן הפועל חיפה ומכבי נתניה), אחמד אבו נאהיה, חאמד גנאים ועלאא אבו סאלח (לשעבר שחקני בני סכנין). באליפות המקצוענית הראשונה זכתה קבוצת מרכז שבאב אל-אמערי באליפות הגדה המערבית ושבאב ח'אן יונס זכתה באליפות רצועת עזה.
עונה לאחר מכן הליגה בוטלה ברצועת עזה עקב מבצע עמוד ענן, ובגדה המערבית זכתה קבוצת הילאל אל-קודס. בעונת 2012/2013 זכתה קבוצת שבאב א-דאהרייה באליפות הגדה, וג'אמעית אל-סאלח באליפות עזה שחזרה לפעילות.
מאז מתקיימת הליגה באופן סדיר יחסית, שהילאל אל-קודס הקבוצה המובילה בגדה עם 3 אליפויות רצופות מ-2016 עד 2019, וברצועת עזה מתחלפת האלופה בכל עונה כאשר הקבוצות בליגה מתפרקות ומוקמות ומשנות את שמן מעונה לעונה.
ליגת העל הפלסטינית מסונפת להתאחדות לכדורגל של אסיה (באנגלית: Asian Football Confederation, ראשי תיבות AFC), ולכן קבוצות אשר מסיימות במקומות הראשונים זוכות להשתתף במפעלים הקבוצתיים של ההתאחדות לכדורגל של אסיה. במרץ 2016, שמונה שחקני כדורגל ערבים-ישראלים מקבוצת שבאב אל-דהריה, שהיו בדרכם למשחק בגביע אסיה מול קבוצת אל ווהדה הסורית, עוכבו בשדה התעופה בביירות ולא הורשו להיכנס ללבנון.[10] בינואר 2017, שישה שחקנים מקבוצת שבאב אל-ח'ליל, המחזיקים בדרכון ישראלי, הגיעו ללבנון דרך ירדן, כדי לשחק מול אלופת לבנון אל עהד.[11]
הרשות הפלסטינית
אתר האינטרנט הרשמי של ליגת העל הפלסטינית
מוחמד דרארמה, סיפור ההצלחה של ואדי א-ניס: משפחת לוזון של הכדורגל הפלסטיני, באתר הארץ, 15 בינואר 2014
