לכל אחד מהגורמים במערכת הביטחון סמכויות משלו, אך לעיתים נדרשת הכרעה בשאלה מי הגורם שיתמודד עם איום ביטחוני מסוים. בין הגורמים השונים מתקיימים אינטראקציה ושיתוף פעולה, לשם מימושן של מטרות משותפות. בנוסף לכך מתקיים מעבר של לוחמים/עובדים בין הגורמים השונים, ובפרט מעבר מצה"ל אל כל יתר הגורמים. במיוחד בולט הדבר במוסד, שרבים מראשיו הם אלופים שהשתחררו מצה"ל.
אגף הטכנולוגיה והלוגיסטיקה: אחראי למתן מענה טכנולוגי ולוגיסטי לקיומו, לכשירותו ולמילוי משימותיו של הצבא.
אגף כוח האדם: הגוף המתכנן והמתאם את פעילות הצבת כוח האדם ותנועתו, הטיפול במשאבּי האנוש של הצבא, התכנון מול תקינת אגף התכנון ותנאי השירות של הפרט.
אגף המבצעים: נושא באחריות מטה לתכנון והפעלת כוחו המבצעי של צה"ל באמצעות מפקדות הפיקודים המרחביים, מפקדת זרוע האוויר, מפקדת זרוע הים, זרוע היבשה ואגפי המטכ"ל השונים.
אגף התקשוב וההגנה בסב"ר: הגוף המתווה את מדיניות הקשר, התקשורת, המחשוב, השליטה והבקרה ואבטחת מערכות מידע בצה"ל.
אגף התכנון ובניין הכוח הרב-זרועי: הגוף המרכזי במטה הכללי העוסק בבניין הכוח הצבאי הכולל המלצות לרמטכ"ל על כיוונים אפשריים לבניין הכוח של צה"ל, וגיבוש עבודת מטה בתכנון הקצאת המשאבים ובתחומי הארגון, התשתיות והפריסה בצבא וכן בפיתוח שיטות לחימה וחדשנות.
אגף אסטרטגיה ומעגל שלישי: עוסק בתכנון ותכלול האסטרטגיה הצבאית וריכוז הפעולות לעיצוב ולתכנון המערכה אל מול הזירה האיראנית ("פיקוד איראן").
משמר הגבול: הזרוע הקרבית של משטרת ישראל. באופן רשמי כפופה למשטרת ישראל בלבד אך בפועל גם לצבא ההגנה לישראל בשיתוף פעולה עם המשטרה בעיקר בזמני חירום. ככוח ז'נדרמריה, משמר הגבול (מג"ב) אחראית על ביטחון הפנים, הגנת הגבולות ואזורי הספר, שיטור כפרי, לוחמה בטרור וסיוע למשטרה באירועים כגון הפרות סדר ואירועים ביטחוניים. מג"ב פועל גם בשטחי יהודה ושומרון תחת פיקוד המרכז ותפקידו שם הוא לספק הגנה וביטחון לתושבים, לצד מלחמה בטרור ולכידת אויבים חיצוניים הנמצאים בתוך גבולות המדינה.
יש המחשיבים גם גופי חירום והצלה כגון איחוד הצלה (ארגון הצלה התנדבותי המעניק בעיקר שירותים פרטיים של עזרה ראשונה) הכפופים למשרד הבריאות ובאים להעניק בעיקר טיפולי עזרה ראשונה, ארגון זק"א האמון על סיוע למשטרת ישראל בזיהוי קורבנות בזירות אסון, שירותים רפואיים אחרים ומגנים גם בעיקר מפני פגיעות העלולות להביא למחלות, לפציעות ולמוות, כחלק ממערכת הביטחון הישראלית. בעקבות מלחמת לבנון השנייה הוקמה רשות חירום לאומית כגוף נפרד ממשרד הביטחון אך לבסוף פעילותה כגוף עצמאי הופסקה והיא אוחדה לתוך משרד הביטחון.
מפעם לפעם עולות הצעות לארגון חדש במערכת הביטחון, לשם מילוי פונקציה שחסרה במערכת זו, כפיצול של יחידה ארגונית קיימת והפיכתה ליחידה עצמאית, או לשם שינוי יחסי הכוחות בין המרכיבים השונים של מערכת הביטחון. בחודש מרץ 2004, למשל, הציעה הוועדה לחקירת מערך המודיעין בעקבות המלחמה בעיראק להפוך את אחת מיחידות המודיעין של הצבא, יחידה 8200, לגוף אזרחי נפרד מהצבא (בדומה למקבילתה האמריקאית, ה-NSA).
המשרד הממשלתי המפקח על פעולת הצבא, ועוסק בפעולות אזרחיות הקשורות לתפעול הצבא, כגון רכש ושיקום. במסגרת משרד הביטחון פועל המלמ"ב - הממונה על הביטחון במשרד הביטחון, שאחראי על אבטחת משרד הביטחון עצמו ועל אבטחת התעשיות הביטחוניות. המשרד גם מופקד על רשות חירום לאומית (רח"ל).
גוף המתאם את הגנת הסייבר ואבטחת המידע של ישראל. לגופים שונים במערכת הביטחון - בהם צה"ל, משטרת ישראל, השב"כ והמוסד - יש יחידות סייבר, וישראל נחשבת למובילה עולמית בתחום זה.
גוף מודיעין בעל אחריות על מאגרי המודיעין הפיננסי הלאומי ומתכלל את תמונת המודיעין בתחום זה עבור רשויות אכיפת החוק וגופי הביטחון בישראל. בנוסף עוסק במניעה ובחקירה של עבירות הלבנת הון, פעילות ארגוני טרור ופעילות שעניינה פגיעה בביטחון המדינה.