תכנון נאות חובב החל בתחילת שנות ה-70, במטרה ליצור תעשייה עצמאית בענף הכימיקלים, אשר תספק כסף למדינה ומקומות עבודה לתושבי הנגב. האתר הוקם רחוק ממקומות מיושבים, כיוון שנמצא בו מקבץ של מפעלים פטרוכימיים. עם זאת, ההחלטה לא התחשבה בקיומה של אוכלוסייה בדואית ביישובים בלתי־מוכרים באזור.[3] תוכנית המתאר אושרה להפקדה על ידי הוועדה המחוזית לתכנון ולבנייה דרום בסוף 1973,[4] ועבודות ההקמה החלו בתחילת 1975.[5] בסוף 1977 אושרה הקמתה של שלוחת מסילת רכבת מבאר שבע אל אזור התעשייה,[6] אולם תקציב להקמתה אושר רק כ-20 שנה אחר כך[7] והקמתה התעכבה עוד כשבע שנים.[8]
בשנת 1980 החל לפעול "האתר הארצי לפסולת רעילה ברמת חובב", במקום רכזו חומרים מסוכנים מכל רחבי הארץ לצורך טיפול. בפועל החומרים נזרקו למזבלה שהוקמה במקום ללא טיפול. בשנת 1982 נסגר האתר אך הוא נפתח שוב שנה אחר כך, לאחר שהובטח כי הטיפול בפסולת ישופר.[11] בשנת 1987 הוקם במקום מתקן לטיפול בפסולת תעשייתית רעילה,[12] בשנת 1990 הוקמה החברה לשירותי איכות הסביבה, כחברה ממשלתית האחראית לניהול האתר.[13]
עד סוף שנת 1991 לא הייתה בשטח המועצה מערכת לטיפול בשפכים, והם הוזרמו לנחל הבשור וזיהמו אותו.[14] מאז הזיהום הופסק.[15]
בשנת 1995 הוקם מפעל של חברת טבע תעשיות פרמצבטיות ברמת חובב בשם "טבע-טק", שהיה מיועד לטיפול בשפכים של מפעלי החברה. בשנת 1997, עם ההחלטה על סגירת מפעל אסיא שהיה ממוקם בפתח תקווה, הוסב המפעל לייצור חומרים פעילים לתרופות (חומרי הגלם לתעשייה הפרמצבטית), והועברו אליו כל קווי הייצור שהיו במפעל אסיא.[16] אחר כך הורחב המפעל מספר פעמים.[17] ב-2001 הוקם ב"טבע טק" מתקן לייצור תרופת הקופקסון, התרופה המקורית המובילה של חברת טבע, המיועדת לטיפול בטרשת נפוצה.[18] במאי 2013 נהרג עובד המפעל ו-31 עובדים נפצעו קל-בינוני בפיצוץ באחת המכונות במפעל.[19] באוגוסט 2020, הודיעה טבע כי תפטר 350 מ-700 עובדי המפעל, בעקבות ירידה חדה ברווחיותו.[20]
בשנת 2013 הוחלט לשנות את שם המועצה מ"רמת חובב" ל"נאות חובב", עקב התדמית השלילית שדבקה בשם הקודם.[21]
באוקטובר 2016 מינה משרד הדתות את הרב גד רווח לרבה של מועצת נאות חובב, משום שאלפי עובדים פוקדים את האזור מדי יום וצורכים שירותי דת, ועל כן ישנו צורך ברב.[22]
בינואר 2017 פיטר שר הפנים אריה דרעי את יו"ר המועצה אנדריי אוזן, ומינה במקומו את מקורבו גדי אלפסי.[23] אוזן עתר לבג"ץ נגד ההחלטה, אך לבסוף משך את העתירה.[24]
בקיץ 2020 יזם ראש עיריית באר שבע, רוביק דנילוביץ', מהלך לצירוף נאות חובב לתחום שטח שיפוטה של העיר באר שבע. לטענתו באר שבע מסוגלת ליטול על עצמה את ניהול המתחם, ולהשתמש בהכנסות הארנונה שמשלמים המפעלים למימון פיתוחה.[25] ואין מקום להשלים עם מועצה שבה ה"תושבים" הם מפעלים שהם בעלי עניין ומהווים גם נציגים בהנהלתה. מעורבות קהילתית תבטיח שהפארק ינוהל לאור עקרונות של צדק חברתי וסביבתי. המועצה והתעשיינים שבתחומה החלו במאבק נגד היוזמה.[26]
כיוון שאין כלל תושבים בנאות חובב, ראש המועצה ממונה על ידי שר הפנים. המועצה מורכבת מתשעה חברים: שלושה נציגי ממשלה בעלי זכות הצבעה (בריאות, פנים ומשרד הכלכלה), שלושה נציגי רשויות מקומיות (באר שבע, מועצה אזורית רמת נגב ומועצה אזורית אשכול) ושלושה מנציגי המפעלים (תרכובות ברום (כיל), אדמה מכתשים וטבע). רוב של נציגי ציבור (2/3) מול מיעוט (1/3) של נציגי המפעלים נועד להבטיח הגנה על האינטרס הציבורי. בנוסף לחברי המועצה בעלי זכות הצבעה, משתתפים בישיבות גם נציג המשרד להגנת הסביבה כמשקיף (שאינו בעל זכות הצבעה אך בעל זכות ויכולת להביע דעה ולהשפיע), ונציג של ארגונים ישראליים לאיכות סביבה. ישיבות המועצה פתוחות לציבור.[29]
במאי 2004 נפתחה שלוחת מטענים של רכבת ישראל ממסילת הדרום בבאר שבע לנאות חובב.[37] קיימת תוכנית להמשיך את מסילת הרכבת עד לעיר הבה"דים כך שתשמש גם להסעת נוסעים.[38]
בשנת 2012 החלה הקמתה של תחנת כוח במפעל "מכתשים" בהספק של 110 מגה וואט, על ידי חברת אדלטק וחברת זורלו החזקות הטורקית, המייצרת גם קיטור לשימוש המפעל.[41] באותה שנה גם החלה הקמתה של תחנת כוח פוטו-וולטאית בהספק של 30 מגה וואט, על שטח של 485 דונם, בבריכות אידוי שפכים משוקמות ששימשו בעבר לטיפול בשפכי תעשייה.[42] התחנה נמכרה אחר כך לחברת אנרג'יקס אנרגיות מתחדשות,[43] והיא החלה לפעול בסוף 2014.[44]
נאות חובב הוא אזור תעשייה רחב ידיים, המכיל 21 מפעלים ושלושה מתקני טיפול ומיחזורפסולת. המפעלים מייצרים כמחצית מכלל הכימיקלים המיוצרים בישראל, בתוכם תשומות לחקלאות, מטהרי מים, מעכבי בעירה וכימיקלים לתעשיית התרופות והקוסמטיקה. באזור התעשייה קיים מפעל לטיפול בפסולת מסוכנת והמשמש גם כאתר הטמנה לפסולת כימית רעילה מכל הארץ. מפעילת האתר היא החברה לשירותי איכות הסביבה. האתר נמצא זמן רב בוויכוח ציבורי, בשל בעיות אקולוגיות שהוא יוצר.[45]
במאי 1985 נפגעו 25 חיילים כתוצאה משאיפת מגז רעיל שנפלט מאחד המפעלים, אך הדבר נשמר בסוד במשך שלושה חודשים,[46] בינואר 1986 נפגעו שלושה חיילים נוספים.[47]
בשנות ה-90 עלו טענות שמפעלי הכימיה במקום מסתירים דו"חות על פליטת חומרים מסוכנים.[48]
אזור התעשייה נאות חובב נחשב במשך שנים רבות כמפגע האקולוגי הקשה ביותר בדרומה של המדינה, שגרם לזיהום האוויר והקרקע.[49] בעקבות הלחץ הציבורי החליטה המועצה להשקיע בשיפור איכות הסביבה.[50] החל מ-2004 הקימה המועצה מתקני ניטור,[51] המעידים על מגמת שיפור משמעותי באיכות האוויר והקרקע,[52] עקב פעילות אכיפה נמרצת של המועצה והמשרד להגנת הסביבה, והשקעות המפעלים בטכנולוגיות סביבתיות. נתוני הניטור במרחב הנגב מופיעים באתר האינטרנט המציג את נתוני ניטור האוויר[53] של המועצה התעשייתית נאות חובב. המפעלים באתר משתמשים ומייצרים חומרים רבים הידועים כמסרטנים, ופליטתם לחלל עלולה לגרום לבעיות נשימה, וכחשודים בגרימת הפרעות גנטיות. בסקרים הידרו-גאולוגיים הנערכים במקום ב-15 השנים האחרונות נמצא כי שכבות הקרקע העליונות זוהמו, אך מי התהום לא זוהמו. זיהום האוויר הכימי מהמפעלים מגיע עד לבאר שבע, מרחק 12 ק"מ מהאתר. דו"ח משרד הבריאות קבע כי תחלואת הסרטן בבאר שבע וישובי הבדואים באזור היא מהגבוהות במדינה.[54]
במשך שנים המפעלים לא השקיעו כסף רב בטיפול בשפכים התעשייתיים. למעשה, היו בריכות אידוי משותפות לכל 14 המפעלים, במקום בריכות שונות לכימיקלים שונים. כתוצאה מכך הכימיקלים לא טופלו כראוי, ונוצרו מטרדי ריח קשים.[55] כתוצאה מלחץ מתמשך, הוקמו על ידי המועצה התעשייתית 10 בריכות אידוי אטומות לשפכי תעשייה וכעת השפכים מטופלים טוב יותר. בשנת 2002, לאחר מטרדי ריח קשים פעלה המועצה לפיזור 360 אלף טון מלח בבריכות, ומאז הבריכות אינן פולטות מימן גופרי.[56]
תושבים בדואים המתגוררים במרחק 500 מטרים בלבד מגבולות אזור התעשייה (ביישוב הבלתי-מוכר ואדי אל-נעם), הם הנפגעים העיקריים מפליטות המפעלים. לאוכלוסייה זו אחוז חולי אסתמה גבוה במיוחד. תושבי הכפר תבעו את חברת מכתשים בסכום של מיליארד שקלים בשל חריגות בפליטת מזהמים. בדיקות שנערכו במפעל "מכתשים" באוקטובר 2007 מצאו חריגות של עשרות-אלפי אחוזים מהתקן בפליטה של מתיל-איזובוטיל-קטון, פחמן ארבע-כלורי ותרכובות אורגניות נדיפות.[57] בחודש ינואר 2013 דחתה השופטת שרה דברת, סגנית נשיא בית המשפט המחוזי בבאר שבע, את תביעתם של תושבי ואדי על נעם, וקבעה כי לא ניתן לקבוע כל קשר סיבתי בין התחלואה לבין פארק התעשייה נאות חובב.[58]
עקב הלחץ הציבורי והתוכנית להקמת עיר הבה"דים, החלו המפעלים בנאות חובב להשקיע סכומים משמעותיים על מנת לעמוד בתקנים הבינלאומיים, תוך הפעלת טכנולוגיות חדשות למניעת זיהום אוויר וקרקע. תוצאות השיפור באיכות האוויר, הקרקע והנחלים באזור מוצגות בדו"ח המציאות הסביבתית אותו מפרסמת המועצה מדי שנה. בין השנים 2006 ל-2012 השקיעו המפעלים קרוב ל-1.5 מיליארד ש"ח בשיפור הטיפול הסביבתי.
בשנת 2007 החל צה"ל בבניית "עיר הבה"דים" באזור צומת הנגב, כ־10 ק"מ דרומית לנאות חובב. אף שבבדיקות ניטור אוויר שבוצעו לא נמצאו נתונים המעידים על זיהום אוויר במקום, הועלתה הטענה כי במקרה של תקלה באתר או באחד המפעלים עלולים להיפלט לאוויר חומרים כימיים מסרטנים וחומצתיים עד לרדיוס של 20 ק"מ אשר עשויים לפגוע בחיילים בבסיס. לאור זאת המועצה הובילה תהליכים שונים וביצעה סקר סיכונים להפחתת הרדיוס עד ל-5 ק"מ. בעתיד בכוונת המועצה להפחית את הרדיוס עד לגדרות פארק התעשייה.
"אביב תעשיות (אר:פט) מיחזור בע"מ" – מפעל העוסק במיחזור בקבוקי פלסטיק משומשים. המפעל ממחזר בקבוקי משקה לפלסטיק לכדי פתיתים המאפשרים לייצר מהם בקבוקים חדשים.[59][60]
"אדמה פתרונות לחקלאות" – מפעל לפיתוח, ייצור ושיווק של מוצרים להגנת הצומח. החברה משווקת בלמעלה ממאה מדינות ברחבי העולם, ומדורגת בין עשר החברות הגדולות בישראל מבחינת שווי שוק.[61]
"אלביט תע"ש" – מתחם של 52,000 דונם ברמת בקע (אזור שסופח לנאות חובב), שישמש לתעשייה הביטחונית (אלביט ורפאל). המתקן נבנה בימים אלו וצפוי להתחיל לפעול בשנת 2025. אלביט היא חברה ציבורית בתחום של ייצור טכנולוגיות חדישות עבור תעשיית הביטחון והסייבר.[62] חברת הבת של אלביט, תעש מערכות העוסקת בייצור ופיתוח מערכות נשק, זכתה במכרז להקמת אזור התעשייה. המפעל יעסיק מאות עובדים וצפוי לתמוך בעוד אלפיים משרות נוספות של ספקים באזור.[63]
"תחנת הכוח אורות יוסף" (תחנת הכוח רמת חובב) – תחנת כוח המייצרת חשמל באמצעות גז טבעי. בתחנה 9 טורבינת שההספק הכולל שלהן הוא כ-1,200 מגה-וואט.[64]
"אלקון מרכז מיחזור (2003) בע"מ" – חברת אלקון מספקת שירותים לטיפול בשפכים תעשייתיים ופסולות מזוהמות ומסוכנות.[65]
"אקוסול ישראל" – הקמה והפעלה של משרפות לחיסול ריכוזים של פסולת אורגנית. המתקן היחיד בישראל לשריפה של פסולת אורגנית כימית. מנצלים את האנרגיה מהשריפה לשימוש של המפעלים שקונים אותה במקום לשרוף דלק אחר.[66]
"גז גל בע"מ" – חברה העוסקת באספקת גז ביתי ותעשייתי ללקוחות ברחבי הארץ.
"גז טכנולוגיות או.בי. בע"מ" – חברה לאספקת גזים מסוגים שונים עבור תעשיות הפארמה, הכימיה, מיקרואלקטרוניקה, תעשייה ביטחונית וכן כימיקלים מיוחדים למחקר. המפעל בנאות חובב משמש לאחסון גזים.[67]
"גלובוס" – החברה עוסקת בתחום הלוגיסטיקה עבור מגוון לקוחות פרטיים, עסקיים ומוסדיים.[68]
"גרין סויל" – אתר לטיפול ביולוגי בבוצה במזהמים נדיפים.[69]
"דור אקולוגיה בע”מ" - חלק מקבוצת דור כימיקלים בע"מ. חברת דור אקולוגיה פועלת בתחום של מיחזור והשבת ממיסים, וכן מחזור פסולת והשבת פסולת.[70]
החברה לשירותי איכות הסביבה – חברה ממשלתית שייעודה לטפל בפסולת רעילה על ידי מיחזור, ניטרול והטמנה שלה עבור מכוני מחקר, מעבדות ועסקים. החברה מפתחת ומיישמת טכנולוגיות לשמירה על איכות הסביבה.[71]
"ווייבלנגת' אנטרפרייזס" – חברה המייצרת חומרי גלם פעילים (Active Pharmaceutical Ingredients) עבור תעשיית התרופות.[72]
"טבע-טק (טבע-אסיא) תעשיות כימיות" – חברה לייצור ולשיווק תרופות, מוצרים לבתי חולים, כימיקלים עדינים לתעשיית התרופות ומוצרים וטרינריים. המפעל בנאות חובב מטפל בחומרי הגלם של כלל מפעלי טבע תעשיות פרמצבטיות בארץ. ייצור הקופקסון, תרופת הדגל של טבע, מתבצע בנאות חובב.[73][74]
"כלבוגז 2002 בע"מ" – חברה העוסקת באספקת גז ביתי ותעשייתי ללקוחות ברחבי הארץ.[75]
"מאפי פארמה בע"מ" – חברה המתמחה בפיתוח ומסחור חומרים פרמצבטיים, לרבות פרמצבטיים פעילים (API).[77]
"מטל טק בע"מ" – מפעל לייצור אבקות טונגסטן וטונגסטן קרביד, המשמשות כחומר גלם לייצור של מתכות קשות, ייצור כלי חיתוך, פגזים, אפודים קרמיים, כלי עבודה, נורות חשמל ועוד. כ-70% מתוצרת המפעל מיוצא למפעלים בחו"ל, לרבות למפעלים של יצרניות גדולות כגון סיקורסקי ובואינג. בנוסף, מטל טק היא ספק מורשה למפעל ישקר בישראל.[78][79]
"מפעלי תובלה ולוגיסטיקה בע"מ" – חברת בת של כימיקלים לישראל. מספקת שירותי לוגיסטיקה ושינוע.[80]
"מקסימה" – מפעל עוסק בתהליכי הפרדת אוויר. מייצר חמצן, חנקן וגזים נוספים לתעשייה ולטיפול רפואי.[81]
מתקן אפרת (תש"א) – מסוף של חברת תשתיות אנרגיה. המתקן משמש לאחסון דלקים עבור החברה הלאומית לתשתיות נפט ואנרגיה (תש"ן) וכן העברת דלק ליעדים נדרשים.[82]
"נגב גז טבעי" – הקמה, תחזוקה וחלוקה של גז טבעי באמצעות תשתית צנרת תת-קרקעית באזור הנגב.[83]
"נתיבי הגז הטבעי לישראל" – חברה ממשלתית להולכה של גז טבעי בלחץ גבוה בישראל. בנאות חובב נמצאת תחנת הפחתת לחץ ומדידה (PRMS).
"סלע מוצרי בטון" – החברה מייצרת מגוון מוצרי בטון. בנאות חובב מתפעלת החברה מפעל לייצור מוצרי בטון לתשתית ובניה.[84]
"עוף עוז (שיווק) בע"מ" – חברת עוף עוז פועלת בתחום של גידול ושחיטת עופות. המפעל בנאות חובב הוא מפעל למחזור חלבונים משאריות הייצור של משחטות החברה.[85]
"חברת פיברו בריאות בעלי חיים בע"מ (בעבר חברת קופולק)" – חברת פיברו היא חברה גלובלית העוסקת בפיתוח, ייצור ושיווק מוצרים ביניים לבריאות והזנת בעלי החיים, במטרה לייצר מזון בריא יותר לבני אדם.[86]
"פרידנזון שירותים לוגיסטיים" – חברה ציבורית הפועלת בתחום של לוגיסטיקה ושילוח בינלאומי.
"צינורות מזרח תיכון" – החברה פועלת בתחום של ייצור צינורות פלדה לתשתיות ביוב, מים, דלק וגז.[87]
"קצא"א" – קו צינור אילת-אשקלון משמש להולכת נפט גולמי מנמל אילת לאשקלון. בשטח המועצה ישנה רצועת מעבר לתשתיות.
"ר.א.ד בטון בע"מ" – חברה העוסקת בייצור ואספקת בטון, בטקל וטיט מוכן לתעשיית הבנייה. המפעל בנאות חובב מייצר את כל סוגי הבטון.[88]
"רינקם קומפני (ישראל) בע"מ" – מרכז לוגיסטי לאחסון, טיפול והפצה של כימיקלים וגזים לתעשיית המוליכים למחצה.[89]
"רכבת ישראל" – מסוף מטענים עבור רכבת ישראל. משתרע על שטח של חמישים דונם. המסוף משמש כמסוף ראשי לאחסנת חומרים מסוכנים המגיעים באמצעות הרכבת. מכיל מערכות בטיחות מתקדמות לטובת טיפול באירועי חומ"ס ומשמש כאחסנה לחברות גדולות הבאות בהתקשרות עם רכבת ישראל לטובת שינוע ברכבת.
"רמת נגב אנרגיה בע"מ" – תחנת כוח. המייצרת חשמל עבור מפעלים בנאות חובב. בתחנה שתי טורבינות מונעות בגז וכן טורבינה קיטורית. כמו כן, התחנה מחוברת לתשתית קיטור למספר מפעלים בנאות חובב, ושולחת קיטור למפעלים אלו. יתרת הקיטור הלא מנוצלת משמשת להנעת טורבינת הקיטור בתחנה.[90]
"רפאל - מערכות לחימה מתקדמות בע"מ" – רפאל היא חברה ממשלתית העוסקת בפיתוח ובייצור של אמצעי לחימה, לרבות טילים ומערכות הגנה אקטיבית.
"שובל נשר" – חברת שובל נשר היא שותפות בין חברת נשר מלט לחברת שובל מיחזור והשבה. שובל נשר עוסקת במחזור והשבת אנרגיה.[91]
"שירותי גניזה מרכזיים (1995) בע"מ" (מכונה גם בית גנזים) – חברת שירותי גניזה מרכזיים מספקת שירותי גניזה למסמכים עבור המגזר העסקי וכן למגזר הציבורי.[92]
"תרכובות ברום בע"מ" – חברת בת של איי.סי.אל גרופ המייצרת כשליש מאספקת הברום האלמנטרי (Br2) בעולם. החברה מייצרת מלחים על בסיס ברום ועל בסיס מגנזיום ומספקת תרכובות ברום ובהם מעכבי בעירה, מוצרים לטיפול במים, מוצרים לניטרול פליטות כספית מתחנות כוח פחמיות ועוד. מעכבי הבעירה של החברה הם רכיב קבוע במוצרי האלקטרוניקה, הטלפוניה, הרכב, הריהוט והבידוד לשוק הבניה. החברה מייצאת את מוצריה לחברות שונות בעיקר באירופה, אמריקה ואסיה.[93]
הפסל "שומר הנגב" נוצר בידי הפסלאמיליו מוגילנר ומתנדבים התומכים בנושאי איכות הסביבה, והוא ניצב מול הכניסה לנאות חובב. הפסל שוקל 1,850 טון - מהם 450 טון בטון וברזל ו-1,400 טון עפר, וגובהו 17 מטרים, כנגד 14 המפעלים ושלושת המתקנים הפועלים באזור התעשייה. הוא נועד להזכיר את פסליאי הפסחא באוקיינוס השקט, סמל לשואה אקולוגית וניצול יתר של המשאבים הטבעיים, ולהתריע נגד הזיהום הנגרם בנאות חובב.