Kekristenan memiliki sejarah panjang di kawasan yang sekarang masuk bagian dari Sudan dan Sudan Selatan. Nubia kuno dicapai oleh Kekristenan Koptik pada abad ke-2. Gereja Koptik kemudian dipengaruhi oleh Kekristenan Bizantium. Dari abad ke-7, kerajaan-kerajaan Kristen Nubia terancam oleh penjajahan Islamis, tetapi kerajaan paling selatan, Alodia, bertahan sampai 1504.
Sudan Selatan (termasuk yang sekarang menjadi Sudan Selatan) masih lama didominasi oleh agama-agama tradisional (persukuan) dari suku bangsa Nilotik, dengan konversi signifikan ke Anglikanisme (Gereja Episkopal Sudan) pada abad ke-20.