Margaretha dari Sisilia (juga disebut Margaret dari Hohenstaufen atau Margaret dari Jerman) (1 Desember 1241, di Foggia – 8 Agustus 1270, di Frankfurt am Main) merupakan seorang putri Sisilia dan Jerman, ia berasal dari Wangsa Hohenstaufen. Melalui pernikahannya ia adalah Landgrafin Thüringen dan Comtesse Pfalz Sachsen (dalam bahasa Jerman: Landgräfin von Thüringen und Pfalzgräfin von Sachsen).
Margaretha adalah putri Friedrich II, Kaisar Romawi Suci, Raja Sisilia dan Jerman, dan istri ketiganya, Isabella dari Inggris. Kakek nenek paternalnya adalah Heinrich VI, Kaisar Romawi Suci dan Custanza dari Sisilia. Kakek nenek maternalnya adalah John dari Inggris dan Isabelle d'Angoulême. Tanggal lahirnya sulit dipastikan karena terdapat kontroversi mengenai jumlah pasti anak yang dikandung ibundanya. Beberapa sumber menyatakan bahwa ia adalah anak pertama atau kedua, lahir pada akhir 1237; yang lain [1][2] menyatakan bahwa ia adalah anak terakhir, lahir pada Desember 1241, ketika Isabelle meninggal saat melahirkan. Para sejarawan umumnya menerima tanggal terakhir.