San Isidro adalah munisipalitas yang terletak di provinsi Surigao del Norte, Filipina.
Pada tahun 2010, munisipalitas ini memiliki populasi sebesar 7.450 jiwa dan 1.430 rumah tangga.
Secara administratif San Isidro terbagi menjadi 12 barangay, yaitu:
9°56′13″N 126°5′19″E / 9.93694°N 126.08861°E