Stofnun Árna Magnússonar í íslenskum fræðum eða Árnastofnun (upphaflega Handritastofnun Íslands) er íslensk háskólastofnun með sjálfstæðan fjárhag og heyrir undir menntamálaráðherra. Hlutverk hennar er að vinna að rannsóknum í íslenskum fræðum og skyldum fræðigreinum, einkum á sviði íslenskrar tungu og bókmennta, miðla þekkingu á þeim fræðum og varðveita og efla þau söfn sem stofnuninni eru falin eða hún á. Forstöðumaður frá árinu 2008 er Guðrún Nordal, prófessor í íslenskum bókmenntum fyrri alda.
Handritastofnun Íslands var stofnuð með sérstökum lögum í menntamálaráðherratíð Gylfa Þ. Gíslasonar 14. apríl árið 1962. Tilefnið að stofnun hennar var yfirvofandi lausn Handritamálsins þar sem Íslendingar fengu afhent nokkur af dýrmætustu miðaldahandritunum sem rituð höfðu verið á Íslandi, frá Árnasafni í Danmörku. Fyrsti forstöðumaður stofnunarinnar var Einar Ólafur Sveinsson, sagnfræðingur og fyrstu húsakynni hennar voru í húsnæði Landsbókasafnsins. 1970 flutti stofnunin á nýreistan Árnagarð við Háskóla Íslands og 1972 var nafni hennar breytt í Stofnun Árna Magnússonar með nýjum lögum.
Árið 2006 samþykkti Alþingi Íslendinga lög um Stofnun Árna Magnússonar í íslenskum fræðum. Samkvæmt þeim voru Íslensk málstöð, Orðabók Háskólans, Stofnun Árna Magnússonar á Íslandi, Stofnun Sigurðar Nordals og Örnefnastofnun sameinaðar frá og með 1. september 2006. Hin nýja stofnun tók við skyldum stofnananna fimm og þeim verkefnum sem þær sinntu.
Stofnunin flutti í Hús íslenskra fræða árið 2023 eftir að hafa verið í Árnagarði í áratugi.