Il 12 gennaio 2017, Lynn fu assunto come capo-allenatore dei Los Angeles Chargers, lo stesso giorno in cui il proprietario Dean Spanos annunciò il trasferimento della squadra da San Diego a Los Angeles. L'assunzione di Lynn fu confermata dal sito della squadra il giorno successivo.[1] Lynn fu il primo capo-allenatore afroamericano in 56 anni di storia della squadra.[2]