È nato dai locandieri Johannes e Margitta Hübner ed è cresciuto a Feldberg-Carwitz, nel distretto di Neustrelitz. Ha maturato la sua prima esperienza di recitazione in un teatro amatoriale. Dopo essersi diplomato alla EOS Clara Zetkin (ora scuola superiore Carolinum) di Neustrelitz nel 1991, ha lavorato al Landestheater Neustrelitz come attore e assistente alla regia.
Nel 1993 ha iniziato i suoi studi presso l'Accademia di Arte Drammatica Ernst Busch di Berlino. Durante gli studi conosce i registi teatrali Tom Kühnel e Robert Schuster. Insieme lavorano a produzioni per il Maxim-Gorki-Theater e lo Schaubühne di Berlino, e dal 1997 anche per lo Schauspielhaus e il TAT di Francoforte sul Meno. Tra il 1996 e il 2002, Hübner ha lavorato tra gli altri con i registi Amélie Niermeyer, Peter Eschberg, Hans Hollmann e Christian Tschirner. Nel 2008 ha continuato il suo lavoro teatrale allo Schauspielhaus di Zurigo dopo una lunga pausa. Dal 2011 ha recitato allo Schauspiel di Colonia sotto la direzione di Karin Beier, che ha seguito alla Deutsche Schauspielhaus di Amburgo nel 2013.
Nel 2003, Hübner ha lasciato il palco del teatro per la macchina da presa. È apparso per la prima volta come attore cinematografico in molti ruoli secondari interpretando la parte di "piccola gente" o del "buon amico". Solo nel 2005 ha preso parte a 17 progetti cinematografici. Ha guadagnato ulteriore fama attraverso uno spot per Dresdner Bank .[1] La vera spinta alla carriera è avvenuta nel 2006, quando è comparso nel lungometraggio vincitore dell'Oscar-Le vite degli altri, dove ha impersonato un sergente maggiore della Stasi che assume la sorveglianza notturna dell'ufficiale interpretato da Ulrich Mühe .[2][3]
Nel 2007, Hübner ha ottenuto un ruolo di primo piano come medico legale Dr. Thomas Renner nella serie poliziesca di RTL Post Mortem . Ha anche interpretato ruoli da protagonista nel film Autopiloten e nel dramma sociale della ZDF Beyond Death . È apparso negli sketch della serie comica di Sat.1 Ladykracher dal 2008 come partner di Anke Engelke . Dal 2010, Charly Hübner e Anneke Kim Sarnau hanno formato il duo investigativo Bukow e König negli episodi di RostockPolice Call 110 della NDR . Per i casi di immagine del nemico e ... e tu ne sei fuori, i due hanno ricevuto una nomination per il Grimme Prize 2012,[4] l'episodio Fischerkrieg ha portato Hübner al Bavarian TV Prize nel 2013. Ha anche ricevuto molti elogi dalla critica[5][6] per il suo ruolo da protagonista come sociopatico nello psicodramma Under Neighbors, per il quale ha anche ricevuto la telecamera d'oro 2013 come "miglior attore tedesco". Nel 2012 ha partecipato alla serie d'azione co-prodotta a livello internazionale Transporter nei panni del meccanico Dieter. Nel 2013 Charly Hübner ha realizzato il suo primo piccolo documentario come regista. Ha girato la parte sul Meclemburgo-Pomerania occidentale per il documentario ARD16 × Germania . Nel 2014 ha interpretato il ruolo principale nella commedia Bornholmer Straße su Harald Jäger, che aprì il confine tra Berlino Est e Berlino Ovest il 9 Novembre 1989. Nel 2017 ha presentato il suo documentario Wildes Herz sulla band Feine Sahne Fischfilet al Festival Internazionale per i Documentari e i film d'animazione di Leipzig, che ha ricevuto quattro premi.
2017: Thought-Aufschluss-Preis della DOK Leipzig per Wildes Herz
2018: Premio Ernst Lubitsch per il ruolo di Karl Schmidt nel film Magical Mystery di Arne Feldhusen
2018: Premio Telecamera d'oro per Jürgen - Oggi viviamo come il miglior film TV tedesco (ruolo: Bernd Würmer, sceneggiatura: Heinz Strunk)
2018: Premio per il miglior film documentario al Bolzano Film Festival Bozen per Wildes Herz ai registi Charly Hübner e Sebastian Schulz
2018: Nomination per il German Film Award nella categoria "Miglior ruolo non protagonista" in 3 giorni a Quiberon
2018: Gilde Filmpreis, miglior documentazione, per Wildes Herz
2018: VUT IndieAward, Best Experiment, per Wildes Herz
2018: Premio per la cultura pop per Wildes Herz come "Storia più bella" 2018
2018: Premio per il teatro di Amburgo - Rolf Mares per la "Outstanding performance" del ruolo Fritz Honka in The Golden Glove al Deutsches Schauspielhaus Hamburg, regia di Studio Braun
2019: Roland-Filmpreis Tatort Eifel per il Polizeiruf 110 Rostock della NDR