Daphny van den Brand ha mosso i suoi primi passi nel ciclismo all'età di otto anni. Ha vinto molte gare grazie ai suoi scatti.
Van den Brand si è in seguito unita alla squadra juniores olandese. Ha vinto la sua prima medaglia nel 1993, durante una gara di ciclocross a Sint-Michielsgestel dove è arrivata terza.
Il manager olandese Leo van Zeeland le chiese nel 1994 di correre in mountain bike. La van den Brand prese dunque parte a una gara a Bergschenhoek, concludendo in quinta posizione. Ha gareggiato a un'edizione dei campionati europei e mondiali di mountain bike juniores ed è arrivata settima in entrambe le gare.
La van den Brand si è quindi concentrata sulla mountain bike e sul ciclocross. Ha vinto otto campionati nazionali di ciclocross e il campionato del mondo di ciclocross nel 2003 a Monopoli. Ha anche vinto quattro medaglie mondiali di bronzo, un argento ai campionati europei nel 2005 e un oro ai campionati europei di ciclocross del 2006 UCI. In mountain bike, ha invece vinto una medaglia d'oro, una d'argento e una di bronzo nei campionati nazionali tra il 2001 e il 2003.