Pauer aveva un legame diretto con le grandi tradizioni viennesi: era nato a Vienna, sua madre era membro della famosa famiglia di pianoforti Streicher e per un certo periodo (1839-44) fu allievo di pianoforte del figlio di Mozart, F.X.W. Mozart e studente di composizione di Simon Sechter. Dopo ulteriori studi con Franz Lachner a Monaco (1845-1847) lavorò come direttore d'orchestra e compositore a Magonza, prima di trasferirsi a Londra nel 1851.
Sin dall'inizio, il modo di suonare il pianoforte di Pauer fu ammirato a Londra e lì sviluppò una serie di concerti, con numerose note di programmazione, che illustravano lo sviluppo della musica per tastiera dal 1600 ai tempi moderni; negli anni successivi tenne conferenze su questo e molti altri argomenti. Per cinque anni fece parte del personale della National Training School for Music (1859-64) e successivamente fu reclutato nel 1876 come professore di piano nel nuovo Royal College of Music. Fu anche Professore associato alla Facoltà di Musica dell'Università di Cambridge.
L'interesse di Pauer per la musica per le antiche tastiere e per l'esecuzione storicamente consapevole si riflesse sulle sue numerose edizioni. Fu anche attivo come autore e arrangiatore. Si ritirò nel 1896 a Jugenheim in Germania, dove morì nel 1905.
Suo figlio Max von Pauer (1866-1945) divenne anche un pianista di fama mondiale.
The elements of the beautiful in music. London, Novello, 1876
The art of pianoforte playing. London, Novello, Ewer and Co., 1877
Musical forms. London, New York, Novello and Co., H.W. Gray Co, 1878
The birthday book of musicians and composers. London, Edinburgh Forsyth Bros., 1881
A dictionary of pianists and composers for the pianoforte. With an appendix of manufacturers of the instrument. London, Novello, Ewer & Co.'s Music Primers, etc. No. 46, 1895
The Culture of the Left Hand. A Collection of useful and practical [P. F.] Exercises and Studies for giving strength, firmness, independence and suppleness to the left hand. Selected, fingered, revised and edited by E. Pauer, etc. London, Augener, 1907
Alte Claviermusik in chronologischer Folge neu hrsg. und mit Vortragszeichen vers. von E. Pauer. Leipzig, Senff, o. J.
Alte Meister. Sammlung werthvoller Klavierstücke des 17. und 18. Jahrhunderts. Leipzig, Breitkopf und Härtel, o. J., 3 Bände
R. Schumann's vocal album. London, Augener, o. D.
The piano works of F. Mendelssohn-Bartholdy edited by E. Pauer. London, Augener, 1865-1873
Recollections of Meyerbeer. Six transcriptions for the Pianoforte. London, 1867
Winter Journey. Die Winterreise. 24 Songs with pianoforte accompaniment. Edited by E. Pauer. Eng. & Ger. Offenbach s./M, Chez Jean André, 1871
Das wohltemperierte Klavier. 48 preludes and fugues by J.S. Bach. 1874
50 harpsichord lessons selected, revised and fingered by E. Pauer. 1877
The complete Piano works of W. A. Mozart, edited by E. Pauer. 1874
The complete Piano Works by F. Schubert, edited by E. Pauer. London, Augener, 1874
Mendelssohn-Bartholdy. Complete works for Pianoforte and Orchestra with a compressed score of the Orchestral accompaniments to be used on a second Pianoforte. Arranged and revised by E. Pauer. London, 1879
The piano works of Robert Schumann, edited by E. Pauer. 1879 (?)
Complete Pianoforte solo works [by Haydn, Joseph]. Edited by E. Pauer. London, 1879
The Children's Beethoven. Short pieces for the Pianoforte revised by E. Pauer. London, Augener, 1879
Old English Composers for the Virginals & Harpsichord. A collection of preludes, galliards, pavanes, grounds, chaconnes, suites, overtures, sonatas, etc. etc. selected from the works of William Byrde, Dr. John Bull, Orlando Gibbons, Dr. John Blow, Henry Purcell and Dr. Thomas Augustine Arne. Revised & edited by E. Pauer. With biographical notices by W. A. Barrett, etc. 1879
The complete piano solo works by C. M. von Weber, edited by E. Pauer. London, Augener, 1879
Transcriptions for the Pianoforte by F. Liszt. Revised by E. Pauer, 1880
Julius Schulhoff-Album. Favorite Pianoforte Pieces. Edited by E. Pauer. London, Augener & Co, 1882-1878
Complete Piano Works of L. van Beethoven. Edited by Ernst Pauer. London, Augener & Co., 1865 - 1873
50 Special and Preparatory Studies for the pianoforte intended as an assistance to a thoroughly artistic performance of Beethoven's Sonatas. London, Augener & Co, 1895
Zemiroth Israel, traditional Hebrew melodies chanted in the synagogue and the home edited, harmonized and arranged for the pianoforte by Ernst Pauer; with an explanatory preface by Francis L. Cohen. London, Augener, 1896
The complete dances by L. van Beethoven, edited, revised and partly arranged for the pianoforte by E. Pauer. London, Augener & Co., ca. 1892
Alte Tänze. Samml. d. berühmtesten dt., franz. u. ital. Gavotten; für Pianoforte ausgew., theilw. einger. u. durchges. von E. Pauer. Leipzig, Breitkopf und Härtel, 1910