Nato a Catania da madre siciliana e padre toscano originario di Marradi[1], si forma nel capoluogo etneo dove fonda e dirige, a partire dal dicembre del 1963, la rivista Giovane Critica che, insieme ai Quaderni piacentini ed altre, accompagnerà il sorgere del Sessantotto. Dopo aver conseguito la maturità classica, si laurea in Lingue e letterature straniere moderne con votazione 110/110 e lode presso l'Università degli Studi di Roma "La Sapienza" con una tesi in letteratura francese. Partecipa alle manifestazioni studentesche del maggio 1968 a Parigi, mentre fa il lettore di italiano al Lycée Hoche di Versailles.[2] Nel gennaio del 1970 ritorna a Roma, quindi segue la carriera di giornalista iniziando a muovere i primi passi nel quotidiano Paese Sera.[3]
È tra i fondatori del periodicoIl Manifesto (1969), ma l'abbandona dopo soli tre mesi per incompatibilità con i colleghi.[4] È stato direttore responsabile di Lotta Continua, giornale dell'omonimo movimento della sinistra extraparlamentare, che lascia nel 1971. Per la direzione di LC subisce vari processi e condanne pur non condividendo le posizioni estreme della redazione e non facendone mai parte; molti intellettuali prestarono infatti il loro nome alla direzione del giornale per soddisfare il requisito di legge che rende necessaria, per la pubblicazione, la presenza di un direttore iscritto all'albo dei professionisti.[5][6][7][8] Fa parte in seguito della redazione del quotidiano Reporter. È chiamato da Nanni Moretti a interpretare la parte di un intellettuale nel film Ecce bombo (1978) e di un cinico presentatore televisivo in Sogni d'oro (1981).
Negli anni ottanta matura la decisione di separarsi dagli ambienti di quella sinistra che ha segnato quasi vent'anni della sua militanza politica, sancendola con un pamphlet dal titolo Compagni, addio. Lettera aperta alla Sinistra.[5] Anni dopo criticherà duramente Lotta continua nel libro Gli anni della peggio gioventù. L'omicidio Calabresi e la tragedia di una generazione, uscito nel 2009. Con riferimento all'omicidio Calabresi denuncerà l'ipocrisia innocentista di intellettuali e giornalisti nei confronti di Adriano Sofri, pur non ritenendo provata la sua colpevolezza.[9] In seguito sosterrà l'estraneità degli ex terroristi neofascisti Valerio Fioravanti e Francesca Mambro nella strage di Bologna.[10] Risale al 1980 il documentario Nero è bello della trasmissione Primo piano in onda su Rai Due, di cui è autore. È uno storico reportage nel quale Giampiero Mughini esplora gli ambienti giovanili, i circoli intellettuali e i sodalizi della destra neofascista italiana, con puro spirito giornalistico d'indagine e conoscenza, senza demonizzazione dei relativi esponenti.
Collabora per alcuni anni a L'Europeo e dal 1987 a Panorama, rapporto che si conclude in maniera non conciliante nel 2005 con l'arrivo del nuovo direttore Pietro Calabrese.[11] Scrive numerosi libri e collabora con il quotidiano Il Foglio di Giuliano Ferrara, sul quale cura per un certo periodo di tempo la rubrica quotidiana chiamata "Uffa!".[12]
Nel 1987 si fa conoscere dal grande pubblico televisivo per la sua partecipazione come ospite fisso alla trasmissione Ieri, Goggi e domani. Negli anni novanta, pungenti e coloriti sono i suoi interventi nel salotto del Maurizio Costanzo Show e a L'appello del martedì. Dal 1998 la sua popolarità cresce per la presenza fissa al programma televisivoControcampo, in onda dapprima su Italia 1 e poi su Rete 4, dove si distingue per ironia e vivacità. Rimane nella squadra della trasmissione sino al 2010. Dal 2001 al 2003 è ospite fisso della trasmissione sportiva Calcio D’Autore condotta da Giovanni Lacagnina su Stream. Nel 2006 partecipa a Controcampo - Ultimo minuto, versione pomeridiana della trasmissione. Grande tifoso della Juventus, alla squadra del cuore dedica tre dei suoi libri.
Nel 2006 vince il Premio Cimitile, nella sezione di saggistica, con l'opera E la donna creò l'uomo, edito dalla Arnoldo Mondadori Editore[13]. Lo stesso anno venne operato per un tumore alla prostata, di cui parlerà pubblicamente nel 2008.[5] Nel maggio 2007 il Consiglio regionale dell'Ordine dei giornalisti del Lazio lo ha radiato dall'albo per aver scritto due articoli pur essendo stato sospeso a causa di uno spot di telefonini[14]; da allora, non è più giornalista professionista, ma freelance. Nonostante ciò, Vittorio Feltri lo ha voluto nella redazione del suo quotidiano Libero, da dove è stato licenziato nel 2014.
Vive a Roma e nella sua casa ha una collezione di oggetti in stile liberty e, tra l'altro, di fotografie d'epoca, tavole autentiche di famosi illustratori italiani del Novecento, e ventimila libri, di cui duemila molto rari: tra essi la prima edizione di Canti Orfici (1914) di Dino Campana e di Ossi di seppia (1925) di Eugenio Montale[5]. Aveva anche una collezione di 775 pezzi, contenente volumi, riviste e poster originali del futurismo, venduta poi a una libreria antiquaria, a espositori e a collezionisti privati.[17] È iscritto all'associazione Nessuno tocchi Caino, gruppo contro la pena di morte legato al Partito Radicale.[18]
Gli intellettuali e il caso Moro, Feltrinelli, Milano, 1978.
Compagni, addio. Lettera aperta alla sinistra, Mondadori, Milano, 1987, ISBN 88-04-30052-3.
Ferrara, con furore. Storia di un comunista borghese e della sua famiglia, interrogazione a Maurizio Ferrara, Leonardo, Milano, 1990, ISBN 88-355-0042-7.
La mia generazione. Le idee, i personaggi, i sogni di una casa a Trinità dei Pellegrini, Mondadori, Milano, 2002, ISBN 88-04-50344-0.
Boccasile, con Maurizio Scudiero, RAS, Milano, 2003.
Un sogno chiamato Juventus. Cento anni di eroi e vittorie bianconere, Mondadori, Milano, 2003. ISBN 88-04-51260-1
(con Maurizio Scudiero), Depero deco. 109 disegni inediti per arazzi, cuscini e pubblicità, 1918-1932, Studio 53 arte, Trento, 2003.
La Sicilia negli occhi, con Edith de Hody Dzieduszycka e Antonio Ducci, Editori Riuniti, Roma, 2004, ISBN 88-359-5615-3.
Che belle le ragazze di via Margutta. I registi, i pittori e gli scrittori che fecero della Roma degli anni Cinquanta la capitale del mondo, Mondadori, Milano, 2004, ISBN 88-04-52650-5.
Un disastro chiamato Seconda Repubblica. Miti, protagonisti e soubrette di un'Italia che declina, Mondadori, Milano, 2005, ISBN 88-04-54390-6.
Marca-Relli, a cura di e con Giuseppe Niccoli, Brescia, LAC - Lagorio Arte contemporanea-Shin, 2006.
Francesco De Molfetta. "Frankie goes to Hollywood". Reggio Emilia, 7 ottobre-14 novembre 2006, con Marisa Vescovo, Reggio Emilia, 2000 & Novecento, 2006.
E la donna creò l'uomo. Lettera d'amore a BB, Mondadori, Milano, 2006, ISBN 88-04-55335-9.
Sex Revolution. Muse, eroi, tragedie di un'avventura che ha cambiato il mondo, Mondadori, Milano, 2007, ISBN 978-88-04-56667-0.