Nata da Francesco Cantofoli e Ottavia Buldrini, si avvicinò tardi alla pittura. Studiò presso l'Accademia del disegno di Elisabetta Sirani e quindi operò presso la sua bottega.[1] Quando la Sirani morì prematuramente, alcuni sospettarono di un avvelenamento per mano o per ordine di Ginevra, indicando come movente una presunta accesa gelosia artistica di questa nei confronti di quella. In seguito fu però provato che la Sirani morì per una terribile ulcera perforante.
^Al pari di alcune sue colleghe tra cui Veronica Franchi, Lucrezia Scarfaglia, Vincenza Fabbri e Maria Elena Panzacchi, Ginevra Cantofoli non proveniva da una famiglia di artisti e poté studiare disegno e pittura solo grazie alla scuola della Sirani, unicum bolognese nel panorama artistico dell'epoca. Cfr. (EN) Babette Bohn, The Antique Heroines of Elisabetta Sirani, in Renaissance Studies, vol. 16, n. 1, Wiley, 2002, p. 59. URL consultato il 2 agosto 2021.
Massimo Pulini: Ritratto di Genevra Cantofoli, pittrice. In: Elisabetta Sirani, "pittrice eroina" 1638-1665. A cura di Jadranka Bentini, Vera Fortunati. Bologna 2004. S. 134-141. ISBN 88-7794-466-8