La prima parte della linea, che va dalla fine della linea IRT Lenox Avenue alla stazione di 180th Street-Bronx Park, venne costruita come parte del Contrac 1. Venne poi estesa verso da East 177th Street a East 219th Street il 4 marzo 1917.[1]
La parte della linea a nord della curva ad esse, da West Farms Square-East Tremont Avenue fino a 241st Street, venne invece costruita come parte del Dual Contracts. La linea venne poi collegata alla linea IRT Dyre Avenue a nord della stazione di East 180th Street.
Per permettere i lavori di sistemazione della stazione di East 180th Street e di sostituzione dei segnali lungo la linea, il servizio espresso, nelle ore di punta, della linea 5 è stato sospeso dal 29 marzo al 3 settembre 2010. Il servizio è stato nuovamente interrotto, per completare la seconda fase del progetto, il 28 marzo 2011 ed è stato poi ripristinato l'8 agosto dello stesso anno.
La linea inizia nella stazione di Wakefield-241st Street, che possiede due binari, una piattaforma ad isola e due piattaforme laterali, attualmente chiuse. Tra questa stazione e quella di Nereid Avenue troviamo invece la connessione con lo scalo di smistamento di 239th Street.
Appena a nord della stazione di Gun Hill Road, quello che resta dell'ormai demolita linea IRT Third Avenue converge nei binari locali, con uno scambio con i binari espressi poco dopo. Questa linea si trovava ad un livello inferiore rispetto alla stazione di Gun Hill Road e poi girava verso ovest.
La linea IRT Dyre Avenue converge invece nei binari locali a nord della stazione di East 180th Street e poi degli scambi permettono ai treni, di questa linea, di raggiungere i binari espressi. Ad ovest di questa unione si trova lo scalo di smistamento di East 180th Street mentre a est quello di Unionport.
Il binari espresso termina invece a nord della stazione di Third Avenue-149th Street, da ora, fino alla fine, la linea possiede solo due binari. In quella zona in passato vi erano anche le connessioni con la linea IRT Third Avenue. Dopo queste connessioni la linea diventa sotterranea.