Il 16 aprile 2014 è stato eletto presidente della Federazione calcistica del Brasile, succedendo a José Maria Marin ed assumendo l'incarico a partire dal 16 aprile 2015 per un mandato di 4 anni.[3]
Nel maggio del 2015 Del Nero partì immediatamente da Zurigo per ritornare in Brasile a causa dell'ondata di arresti di diversi dirigenti della FIFA;[4] da allora è sempre rimasto nel paese natale per paura di essere arrestato, sebbene non abbia mai lasciato commenti al riguardo.[5] Nel novembre dello stesso anno si dimise da membro del Comitato Esecutivo della FIFA.[6]
Il 15 dicembre 2017, la FIFA sospese Del Nero da tutte le attività inerenti al calcio (compresa la presidenza della CBF) come conseguenza del suo coinvolgimento nello scandalo di corruzione del 2015.[10][11] Il 27 aprile 2018 la FIFA aumentò la sospensione, comminando a Del Nero la radiazione a vita dalle attività calcistiche ed una multa di 1 milione di franchi svizzeri.[12]