Fu confermata la formula della precedente stagione: il numero di squadre rimase fermo ad otto e il torneo era diviso in due fasi: nella prima fase le squadre si incontrarono in turni di andata e ritorno, per un totale di 14 incontri per squadra. Venivano assegnati tre punti per la vittoria, uno per il pareggio e zero per la sconfitta. Le prime sei classificate si qualificavano nel girone per il titolo, portandosi dietro la metà (approssimata per eccesso) dei punti accumulati nella prima fase.
Le ultime due classificate dovevano invece disputare un torneo a sei insieme alle prime quattro classificate dell'Esiliiga 1996-1997: al termine di tale girone le prime due potevano ottenere il posto in Meistriliiga.
^Durante la stagione il FC Tevalte/Marlekor cambiò il nome in FC Marlekor.
^abcA fine stagione il Tulevik Viljandi acquisì il titolo del Lelle SK e ne prese il posto in Meistriliiga. Allo stesso tempo il FC Lelle acquisì il titolo sportivo del Vall Tallinn, ne prese il posto in Meistriliiga e cambiò a sua volta il nome in Lelle SK. Il Vall Tallinn ripartì dall'Esiliiga.
^Marlekor Tallinn cambiò il suo sponsor e fu rinominata TVMK Tallinn alla fine della stagione.