Wharton firmò con i Kansas City Chiefs dopo non essere stato scelto nel Draft il 27 aprile 2020.[1] Alla fine del training camp estivo riuscì a entrare nei 53 uomini del roster per l'inizio della stagione regolare.[2] Debuttò nella NFL nel primo turno il 10 settembre 2020 contro gli Houston Texans, mettendo a segno 2 tackle nella vittoria per 34–20.[3] Nella settimana 8 contro i New York Jets fece registrare il suo primo sack nella vittoria per 35–9.[4] La sua stagione da rookie si chiuse con 27 placcaggi, 2 sack, un fumble forzato e uno recuperato.[5] Nella successiva disputò tutte le 17 partite, con 29 tackle, 2 sack e un intercetto.
Nella settimana 5 della stagione 2022 Wharton si ruppe il legamento crociato anteriore.[6] Fu inserito in lista infortunati il 15 ottobre 2022.[7]