Studente di teologia del seminario di Tubinga, si occupò più volentieri di poesia e di letteratura, e visitò frequentemente tra il 1822 e il 1823 il poeta Friedrich Hölderlin, allora mentalmente malato, che viveva in una semi-reclusione nella casa del colto artigiano Ernst Zimmer, in riva al fiume Neckar, accompagnandolo a volte in passeggiate nei dintorni e lasciandone un ritratto nel suo Hölderlins Leben, Dichtung und Wahnsinn. Dopo aver viaggiato a lungo per l'Italia, la Svizzera e il Tirolo, nel 1827 Waiblinger lasciò Tubinga per l'Italia, stabilendosi a Roma, dove abitò in una casa tuttora esistente in via del Mascherone 62, e morendovi prematuramente di tubercolosi all'età di 25 anni. È sepolto nel Cimitero acattolico di Roma.
H. Fröschle, Wilhelm Waiblinger als Völkerpsychologe, in «Suevica. Beiträge zur schwäbischen Literatur- und Geistesgeschichte» (1993). Stuttgart 1994 [1995], S. 69-80 ISBN 3-88099-311-4
L. B. Jennings, An Early German Vampir|Vampire Tale: Wilhelm Waiblinger's "Olura" (prima edizione 1986), in «Suevica. Beiträge zur schwäbischen Literatur-und Geistesgeschichte» 9 (2001/2002), Stuttgart 2004 [2005], pagg. 295-306 ISBN 3-88099-395-5